liu.seSök publikationer i DiVA
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Application of PCR amplicon sequencing using a single primer pair in PCR amplification to assess variations in Helicobacter pylori CagA EPIYA tyrosine phosphorylation motifs
Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Klinisk mikrobiologi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Östergötlands Läns Landsting, Laboratoriemedicinskt centrum, Klinisk mikrobiologi.
Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Cellbiologi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet.
Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Östergötlands Läns Landsting, Laboratoriemedicinskt centrum, Klinisk mikrobiologi.
Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Kirurgi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Östergötlands Läns Landsting, Kirurgi- och onkologicentrum, Kirurgiska kliniken i Östergötland med verksamhet i Linköping, Norrköping och Motala.
2010 (Engelska)Ingår i: BMC Research Notes, ISSN 1756-0500, E-ISSN 1756-0500, Vol. 3, nr 35Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Background

The presence of various EPIYA tyrosine phosphorylation motifs in the CagA protein of Helicobacter pylori has been suggested to contribute to pathogenesis in adults. In this study, a unique PCR assay and sequencing strategy was developed to establish the number and variation of cagA EPIYA motifs.

Findings

MDA-DNA derived from gastric biopsy specimens from eleven subjects with gastritis was used with M13- and T7- sequence-tagged primers for amplification of the cagA EPIYA motif region. Automated capillary electrophoresis using a high resolution kit and amplicon sequencing confirmed variations in the cagA EPIYA motif region. In nine cases, sequencing revealed the presence of AB, ABC, or ABCC (Western type) cagA EPIYA motif, respectively. In two cases, double cagA EPIYA motifs were detected (ABC/ABCC or ABC/AB), indicating the presence of two H. pylori strains in the same biopsy.

Conclusion

Automated capillary electrophoresis and amplicon sequencing using a single, M13- and T7-sequence-tagged primer pair in PCR amplification enabled a rapid molecular typing of cagA EPIYA motifs. Moreover, the techniques described allowed for a rapid detection of mixed H. pylori strains present in the same biopsy specimen.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
BioMed Central, 2010. Vol. 3, nr 35
Nationell ämneskategori
Biokemi och molekylärbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:liu:diva-54559DOI: 10.1186/1756-0500-3-35PubMedID: 20181142OAI: oai:DiVA.org:liu-54559DiVA, id: diva2:305395
Anmärkning

Original Publication: Hans-Jurg Monstein, Anneli Karlsson, Anna Ryberg and Kurt Borch, Application of PCR amplicon sequencing using a single primer pair in PCR amplification to assess variations in Helicobacter pylori CagA EPIYA tyrosine phosphorylation motifs, 2010, BMC Research Notes, (3), 35, . http://dx.doi.org/10.1186/1756-0500-3-35 Licensee: BioMed Central http://www.biomedcentral.com/

Tillgänglig från: 2010-03-23 Skapad: 2010-03-23 Senast uppdaterad: 2017-12-12Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(560 kB)472 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 560 kBChecksumma SHA-512
7334e05a339ca933e5e7c0f64244861a99203db15d60486674a80bd05e91efb0cb6fd70c831a6c260ffb2407282fec6b33a070e59b22e6f79c35eb837c1f1764
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Monstein, Hans-JurgKarlsson, AnneliRyberg, AnnaBorch, Kurt

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Monstein, Hans-JurgKarlsson, AnneliRyberg, AnnaBorch, Kurt
Av organisationen
Klinisk mikrobiologiHälsouniversitetetKlinisk mikrobiologiCellbiologiInstitutionen för klinisk och experimentell medicinKirurgiKirurgiska kliniken i Östergötland med verksamhet i Linköping, Norrköping och Motala
I samma tidskrift
BMC Research Notes
Biokemi och molekylärbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 472 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 223 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf