liu.seSök publikationer i DiVA
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Variation in number of cagA EPIYA-C phosphorylation motifs between cultured Helicobacter pylori and biopsy strain DNA
Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Cellbiologi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet.
Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Klinisk mikrobiologi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet.
Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Klinisk mikrobiologi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet.
Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Kirurgi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Östergötlands Läns Landsting, Centrum för kirurgi, ortopedi och cancervård, Kirurgiska kliniken i Östergötland.
Visa övriga samt affilieringar
2012 (Engelska)Ingår i: Infection, Genetics and Evolution, ISSN 1567-1348, E-ISSN 1567-7257, Vol. 12, nr 1, s. 175-179Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

The Helicobacter pylori cagA gene encodes a cytotoxin which is activated by phosphorylation after entering the host epithelial cell. Phosphorylation occurs on specific tyrosine residues within EPIYA motifs in the variable 3'-region. Four different cagA EPIYA motifs have been defined according to the surrounding amino acid sequence; EPIYA-A, -B, -C and -D. Commonly, EPIYA-A and -B are followed by one or more EPIYA-C or -D motif. Due to observed discrepancies in cagA genotypes in cultured H. pylori and the corresponding DNA extracts it has been suggested that genotyping assays preferentially should be performed directly on DNA isolated from biopsy specimens. Gastric biopsies randomly selected from a Swedish cohort were homogenised and used for both direct DNA isolation and for H. pylori specific culturing and subsequent DNA isolation. In 123 of 153 biopsy specimens, the cagA EPIYA genotypes were in agreement with the corresponding cultured H. pylori strains. A higher proportion of mixed cagA EPIYA genotypes were found in the remaining 30 biopsy specimens. Cloning and sequencing of selected cagA EPIYA amplicons revealed variations in number of cagA EPIYA-C motifs in the mixed amplicons. The study demonstrates that culturing of H. pylori introduces a bias in the number of EPIYA-C motif. Consistent with other H. pylori virulence genotyping studies, we suggest that cagA EPIYA analysis should be performed using total DNA isolated from biopsy specimens.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Elsevier , 2012. Vol. 12, nr 1, s. 175-179
Nyckelord [en]
Gastroduodenal diseases; Helicobacter pylori; cagA EPIYA-C motif variation; Gastric biopsy H. pylori strains; Cultured H. pylori strains; Amplicon sequencing
Nationell ämneskategori
Medicin och hälsovetenskap
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:liu:diva-72456DOI: 10.1016/j.meegid.2011.10.025ISI: 000299599600022PubMedID: 22085823OAI: oai:DiVA.org:liu-72456DiVA, id: diva2:459740
Anmärkning
funding agencies|Research council in the South-East of Sweden (FORSS)||ALF||Clinical Microbiology, Laboratory Centre-DC, University Hospital, Linkoping, Sweden||Tillgänglig från: 2011-11-28 Skapad: 2011-11-28 Senast uppdaterad: 2017-12-08

Open Access i DiVA

fulltext(344 kB)900 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 344 kBChecksumma SHA-512
7e3e7fda5546e9284fc078c15c47b45d88e9a92157fecfeec9d7e81853c3983b99306d523316e11b435f69a6d440d75980f5036b532f5c917ff9d6fbb6bfbbe8
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Karlsson, AnneliRyberg, AnnaBorch, KurtMonstein, Hans-Jürg

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Karlsson, AnneliRyberg, AnnaBorch, KurtMonstein, Hans-Jürg
Av organisationen
CellbiologiHälsouniversitetetKlinisk mikrobiologiKirurgiKirurgiska kliniken i ÖstergötlandKlinisk mikrobiologi
I samma tidskrift
Infection, Genetics and Evolution
Medicin och hälsovetenskap

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 900 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 339 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf