liu.seSök publikationer i DiVA
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Study of Protein Interfaces with Clustering
Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Bioinformatik.
2018 (Engelska)Självständigt arbete på avancerad nivå (masterexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)
Abstract [en]

Protein-protein interactions occur in nature and have different functions. The interacting surface between two interacting proteins contains the respective protein's interface residues.

In this thesis, a series of Python scripts are presented which can perform interface-interface comparisons with the method InterComp, to obtain a distance matrix of different protein interfaces. The distance matrix can be studied with the use of clustering algorithms such as DBSCAN.

The result from clustering using DBSCAN shows that for the 77,017 protein interfaces studied, a majority of the protein interfaces are part of a single cluster while most of the remaining interfaces are noise for the tested parameters Eps and MinPts.

The conclusion of this thesis is the effect on the number of clusters for the tested parameters Eps and MinPts when performing DBSCAN.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2018. , s. 23
Nyckelord [en]
Protein Interface, Clustering, Cluster, DBSCAN, PDB, InterComp
Nationell ämneskategori
Bioinformatik och systembiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:liu:diva-152471ISRN: LITH-IFM-A-EX--18/3471--SEOAI: oai:DiVA.org:liu-152471DiVA, id: diva2:1260491
Ämne / kurs
Kemisk biologi
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2018-11-05 Skapad: 2018-11-02 Senast uppdaterad: 2018-11-05Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(479 kB)84 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 479 kBChecksumma SHA-512
d9213f69d78ecb38f48606684ddd22352ccb6403dfec7c56725b1a7f477a149b9ed74ae218bcb37e37c5b12be81048c4e9bec19b2a69a0e0280a728a0cff2412
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Bergqvist, Jonathan
Av organisationen
Bioinformatik
Bioinformatik och systembiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 84 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 469 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf