liu.seSök publikationer i DiVA
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Thermodynamic model of gene regulation for the Or59b olfactory receptor in Drosophila
Linköpings universitet, Institutionen för systemteknik. Linköpings universitet, Tekniska fakulteten.
Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Avdelning för neurobiologi. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten.
Linköpings universitet, Institutionen för systemteknik, Reglerteknik. Linköpings universitet, Tekniska fakulteten.
Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Avdelning för neurobiologi. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten.
Visa övriga samt affilieringar
2019 (Engelska)Ingår i: PloS Computational Biology, ISSN 1553-734X, E-ISSN 1553-7358, Vol. 15, nr 1, artikel-id e1006709Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Complex eukaryotic promoters normally contain multiple cis-regulatory sequences for different transcription factors (TFs). The binding patterns of the TFs to these sites, as well as the way the TFs interact with each other and with the RNA polymerase (RNAp), lead to combinatorial problems rarely understood in detail, especially under varying epigenetic conditions. The aim of this paper is to build a model describing how the main regulatory cluster of the olfactory receptor Or59b drives transcription of this gene in Drosophila. The cluster-driven expression of this gene is represented as the equilibrium probability of RNAp being bound to the promoter region, using a statistical thermodynamic approach. The RNAp equilibrium probability is computed in terms of the occupancy probabilities of the single TFs of the cluster to the corresponding binding sites, and of the interaction rules among TFs and RNAp, using experimental data of Or59b expression to tune the model parameters. The model reproduces correctly the changes in RNAp binding probability induced by various mutation of specific sites and epigenetic modifications. Some of its predictions have also been validated in novel experiments.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
PUBLIC LIBRARY SCIENCE , 2019. Vol. 15, nr 1, artikel-id e1006709
Nationell ämneskategori
Bioinformatik och systembiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:liu:diva-154703DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006709ISI: 000457372500037PubMedID: 30653495OAI: oai:DiVA.org:liu-154703DiVA, id: diva2:1292631
Anmärkning

Funding Agencies|Swedish Research Council (VR) [2016-06726]; Swedish Foundation for Strategic Research (SSF) [SB16-0011]

Tillgänglig från: 2019-02-28 Skapad: 2019-02-28 Senast uppdaterad: 2019-03-15

Open Access i DiVA

fulltext(2567 kB)59 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 2567 kBChecksumma SHA-512
dfa59328d4c140834ed41801b01b7cf92d7050b474ea9f1793b0a84c6fddc61125d14a7849cd370fb8c24b0c2b373bd5c1ccf6486d893d8b64a265911c53cda8
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Gonzalez Bosca, AlejandraJafari, ShadiZenere, AlbertoAlenius, MattiasAltafini, Claudio
Av organisationen
Institutionen för systemteknikTekniska fakultetenAvdelning för neurobiologiMedicinska fakultetenReglerteknik
I samma tidskrift
PloS Computational Biology
Bioinformatik och systembiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 59 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 147 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf