liu.seSearch for publications in DiVA
Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Protein Visualization and Haptics
Linköping University, Department of Science and Technology.
2008 (English)Independent thesis Advanced level (degree of Magister), 20 points / 30 hpStudent thesisAlternative title
Proteinvisualisering och haptik (Swedish)
Abstract [sv]

Applikationen Chemical Force Feedback (CFF) för haptisk och visuell molekylrendering som har utvecklats på Linköpings Universitet för att testa nyttan av haptik för undervisning av protein-ligand dockning för molekylär livsvetenskap behöver förbättras på ett antal punkter för att bättre kunna fungera som ett komplett

molekylvisualiserings-verktyg. Tidigare projekt som utvecklat applikationen har fokuserat mestadels på den haptiska delen av programmet, vilket gjort att den visuella aspekten kommit efter. Det här examensarbetet har implementerat diverse ny funktionalitet både för att förbättra direkt kännbara aspekter av programmet, samt att lägga grunden för framtida utökningar.

De huvudsakliga förbättringarna som det här exjobbet resulterat i inkluderar: För det första, integration av DSSP-algoritmen i programmet har gjort information om sekundärstrukturen hos protein tillgänglig för visualisering. För det andra, ett nytt renderings-system tillåter rendering av semitransparenta ytor på ett korrekt sätt samtidigt som det skapar en program-struktur som bättre lämpar sig för implementation av nya molekylrepresentationer. För det tredje, en filvals-komponent som fungerar i den haptiska scengrafen har designats för att göra programmets användargränssnitt mer tillgängligt.

Abstract [en]

The Chemical Force Feedback (CFF) visual and haptic molecule rendering application, being developed at Linköping University to evaluate the use of haptics as a teaching tool for protein-ligand docking in molecular life science requires several additional features to function as a mature protein visualization tool. Previous developments of the application have focused mostly on the haptic part of the program, leaving the visual representation somewhat under-developed.

This thesis project has implemented various features in order to both improve the immediate functionality of the application as well as lay down the foundation for future additions.

The main contributions of this thesis include: Firstly, integration of the DSSP algorithm has provided the application with secondary structure information for the protein visualization. Secondly, a new rendering system has provided support for rendering transparent surfaces in a correct way as well as simplifying future addition of new visual representations of molecules. Thirdly, a file-selection dialog have been implemented using the haptic scenegraph as a step toward the goal of making the user interface of the application more user-friendly.

Place, publisher, year, edition, pages
Institutionen för teknik och naturvetenskap , 2008. , 44 p.
Keyword [en]
protein visualization, transparency sorting, haptics, rendering
National Category
Engineering and Technology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:liu:diva-12272ISRN: LiU-ITN-TEK-A--08/066--SEOAI: oai:DiVA.org:liu-12272DiVA: diva2:18503
Presentation
2008-05-15, TP3069, Täppan, Bredgatan 34, Norrköping, 11:00
Uppsok
teknik
Supervisors
Examiners
Available from: 2008-07-07 Created: 2008-07-07

Open Access in DiVA

fulltext(1576 kB)248 downloads
File information
File name FULLTEXT01.pdfFile size 1576 kBChecksum SHA-1
6667e03d9c02089fe2a34763399a95ad5476cd8b128db8711a7b478139823b34b859cb48
Type fulltextMimetype application/pdf

By organisation
Department of Science and Technology
Engineering and Technology

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar
Total: 248 downloads
The number of downloads is the sum of all downloads of full texts. It may include eg previous versions that are now no longer available

urn-nbn

Altmetric score

urn-nbn
Total: 244 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf