liu.seSearch for publications in DiVA
Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Enkel navigering i webbdatabaser inom bioinformatik: En implementation av moduler för ett urval av databaser
Linköping University, Department of Computer and Information Science.
2010 (Swedish)Independent thesis Basic level (university diploma), 10 credits / 15 HE creditsStudent thesis
Abstract [sv]

Detta examensarbete är framtaget för att utforma moduler till programmet BioSpider som utvecklats vid ADIT avdelningen vid IDA institutionen Linköping Universitet med syfte att förenkla för biologer när de söker information om andra forskares resultat.

Det finns ett stort antal databaser som innehåller forskningsdata kring proteiner, reaktioner, signalvägar etc. Exempel på databaser är UniProt, Reactome, IntAct, BioModels och KEGG. Det uppstår problem med att dessa databaser är uppbyggda på olika sätt och ej kan användas på ett universellt sätt, utan kräver individuellt utformning och anpassning för att kunna användas tillsammans med andra databaser.  Det är där BioSpider kommer in, BioSpider är ett program som försöker bygga upp ett träd utifrån olika databaser. Varje databas hanteras individuellt av BioSpider men presenteras på ett universellt sätt i form av ett träd för användaren. Examensarbetets del i BioSpider är att utforma moduler som behandlar ytterligare databaser utöver BioModels som redan stöds i BioSpider.

Behovet av att tillgängliggöra stöd för fler databaser var nödvändigt för att kunna visa upp en användbar version av BioSpider med mer än en databas. Detta för att kunna visa att metoden fungerar i praktiken.

Examensarbetet har utförts genom att en förstudie av ett antal databaser har gjorts och inom dessa valt ut relevant information som sedan implementerats i BioSpider med olika moduler för de olika databaserna.

Det som fanns tillgängligt vid examensarbetets start var programmet BioSpider och implementation för en databas (BioModels). Nu stöds BioSpider av ytterligare fyra stycken databaser som är UniProt, Reactome, KEGG och IntAct som bygger ut trädet. BioSpider stöds även utav DIP, Ensembl, EMBL, FlyBase, GO, InterPro, OMIM, PDB, PIR, PROSIT och RefSeq för vidare länkning till webbsida där ytterligare information kan återfås.

Abstract [en]

The aim of this thesis was to develop modules for the system BioSpider that are developed by ADIT division at IDA institute at Linköping University. The objective is to simplify for biologist when they seek for information about research findings.

There is a large number of databases that contains research results about proteins, reactions, pathways etc. Examples of these databases are UniProt, Reactome, IntAct, BioModels and KEGG. Problems emerges since the databases are constructed in different ways and cannot be used in a universal way, they must be individually tailored and adjusted to be compatible with other databases. This is where BioSpider comes in, BioSpider is a program that is supposed to build up a tree of the different databases. Each database is managed individually by BioSpider and is presented to the user in a universal way in the form of a tree. This thesis extends the BioSpider system so that more databases are supported than just the database BioModels.

The need to support more databases was necessary to be able to produce a usable version of BioSpider with more than one database. This is important to show that the method works in practice.

The work has been performed by a pilot study of a number of databases. Within these we selected appropriate information that was implemented in BioSpider with different modules for different databases.

At start of this thesis one database was supported by BioSpider, this database is BioModels. Now BioSpider supports by additional four databases UniProt, Reactome, KEGG and IntAct. BioSpider also supports linking to websites where information can be retrieved, the supported databases are DIP, Ensembl, EMBL, FlyBase, GO, InterPro, OMIM, PDB, PIR, PROSIT and RefSeq.

Place, publisher, year, edition, pages
2010. , 30 p.
Keyword [en]
Bioinformatics, Java, XML, Webservices
Keyword [sv]
Bioinformatik, Java, XML, Webbtjänster
National Category
Bioinformatics and Systems Biology Computer Engineering
Identifiers
URN: urn:nbn:se:liu:diva-58928ISRN: LIU-IDA/LITH-EX-G--10/014--SEOAI: oai:DiVA.org:liu-58928DiVA: diva2:346906
Presentation
2010-06-11, al-Khwarizmi, Linköping, 11:00 (Swedish)
Uppsok
Technology
Supervisors
Examiners
Available from: 2010-09-08 Created: 2010-09-02 Last updated: 2010-09-08Bibliographically approved

Open Access in DiVA

fulltext(1549 kB)225 downloads
File information
File name FULLTEXT01.pdfFile size 1549 kBChecksum SHA-512
ca1dfc91795e636711d9bb01732a60cdd55160c74689508331642e3baa2e47cc357911c4c64e4c9f417ad88ffc40d24fecb63cd183a826be1aa5359a5b03e17d
Type fulltextMimetype application/pdf

Search in DiVA

By author/editor
Peterson, Rickard
By organisation
Department of Computer and Information Science
Bioinformatics and Systems BiologyComputer Engineering

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar
Total: 225 downloads
The number of downloads is the sum of all downloads of full texts. It may include eg previous versions that are now no longer available

urn-nbn

Altmetric score

urn-nbn
Total: 179 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf