liu.seSök publikationer i DiVA
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1 - 3 av 3
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Bustamante, Mariana
    Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa, Avdelningen för kardiovaskulär medicin. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten. Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV.
    Automated Assessment of Blood Flow in the Cardiovascular System Using 4D Flow MRI2018Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [sv]

    Medicinsk bildanalys fokuserar på extrahering av meningsfull information från medicinska bilder för att underlätta klinisk bedömning, diagnostik, och behandling. Bildbehandlingsteknik har gradvis blivit en viktig del av det moderna sjukvårdsystemet, en följd av de kontinuerliga tekniska förbättringarna och tillgången till en mängd olika medicinska bildtekniker.

    Magnetic resonanstomografi (MRT) är en bildteknik som är ickeinvasiv, flexibel och kan generera bilder av hög kvalitet utan joniserande strålning. MRT utförs ofta i klinisk miljö för att bedöma anatomi och funktion av hjärtat och blodkärlen. När man fokuserar på hjärt-kärlsystemet är bedömning av blodflödet viktigt för att kunna förstå och identifiera sjukdomar fullt ut. Bland de olika MRT-teknikerna som är tillgängliga för avbildning av hjärtat möjliggör 4D flödes-MRT komplett täckning av hjärtat i tre dimensioner över tid, och med hastighetsinformation i tre riktningar. 4D flödes-MRT är en mycket effektiv metod som kan användas för retrospektiv analys av blodflödesdynamik på vilken position som helst i den avbildade volymen.

    Till vardags görs dock blodflödesanalysen vanligtvis på bilder tagna med tvådimensionella avbildningsmetoder. Detta kan förklaras av deras kortare insamlingstider, högre spatiella upplösning, bättre signal-brusförhållandet, och att de är relativt enklare att efterbehandla jämfört med 4D flödes-MRT. Utvinningen av användbar information från 4D flödes-MRT-data är väldigt utmanande på grund av den stora mängden information som dessa bilder innehåller och kräver vanligtvis väsentlig användarinteraktion.

    Denna avhandling syftar till att utveckla och utvärdera metoder som underlättar efterbehandlingen av 4D flödes-MRT genom att automatisera de steg som är nödvändiga för att härleda hemodynamiska parametrarna av intresse från dessa data. De föreslagna metoderna kräver liten eller ingen användarinteraktion, är relativt snabba, använder all information som finns i de fyrdimensionella bilderna, och kan enkelt appliceras på stora datamängder. Tillägget av de i avhandlingen beskrivna metoderna till den nuvarande analysen av 4D flödes-MRT medger en avsevärd förenkling och uppsnabbad utvärdering, vilket gör att den avancerade 4D flödes MRT-tekniken kommer närmare att kunna användas i kliniskt rutinarbete.

    Delarbeten
    1. Improving left ventricular segmentation in four-dimensional flow MRI using intramodality image registration for cardiac blood flow analysis
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Improving left ventricular segmentation in four-dimensional flow MRI using intramodality image registration for cardiac blood flow analysis
    Visa övriga...
    2018 (Engelska)Ingår i: Magnetic Resonance in Medicine, ISSN 0740-3194, E-ISSN 1522-2594, Vol. 79, nr 1, s. 554-560Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    PurposeAssessment of blood flow in the left ventricle using four-dimensional flow MRI requires accurate left ventricle segmentation that is often hampered by the low contrast between blood and the myocardium. The purpose of this work is to improve left-ventricular segmentation in four-dimensional flow MRI for reliable blood flow analysis. MethodThe left ventricle segmentations are first obtained using morphological cine-MRI with better in-plane resolution and contrast, and then aligned to four-dimensional flow MRI data. This alignment is, however, not trivial due to inter-slice misalignment errors caused by patient motion and respiratory drift during breath-hold based cine-MRI acquisition. A robust image registration based framework is proposed to mitigate such errors automatically. Data from 20 subjects, including healthy volunteers and patients, was used to evaluate its geometric accuracy and impact on blood flow analysis. ResultsHigh spatial correspondence was observed between manually and automatically aligned segmentations, and the improvements in alignment compared to uncorrected segmentations were significant (Pamp;lt;0.01). Blood flow analysis from manual and automatically corrected segmentations did not differ significantly (Pamp;gt;0.05). ConclusionOur results demonstrate the efficacy of the proposed approach in improving left-ventricular segmentation in four-dimensional flow MRI, and its potential for reliable blood flow analysis. Magn Reson Med 79:554-560, 2018. (c) 2017 International Society for Magnetic Resonance in Medicine.

    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    WILEY, 2018
    Nyckelord
    four-dimensional flow MRI; image registration; blood flow analysis; cardiology; MRI; 4D flow MRI; image registration; blood flow analysis; cardiology; MRI
    Nationell ämneskategori
    Medicinsk bildbehandling
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-143887 (URN)10.1002/mrm.26674 (DOI)000417926300054 ()28303611 (PubMedID)
    Anmärkning

    Funding Agencies|ERC [310612]; 310612; Grant sponsor: Vetenskapsradet [621-2014-6191]; Hjart-Lungfonden [20140398]; Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse [KAW 2013.0076]

    Tillgänglig från: 2017-12-29 Skapad: 2017-12-29 Senast uppdaterad: 2018-03-22
    2. Atlas-based analysis of 4D flow CMR: Automated vessel segmentation and flow quantification
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Atlas-based analysis of 4D flow CMR: Automated vessel segmentation and flow quantification
    Visa övriga...
    2015 (Engelska)Ingår i: Journal of Cardiovascular Magnetic Resonance, ISSN 1097-6647, E-ISSN 1532-429X, Vol. 17, nr 87Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    Background: Flow volume quantification in the great thoracic vessels is used in the assessment of several cardiovascular diseases. Clinically, it is often based on semi-automatic segmentation of a vessel throughout the cardiac cycle in 2D cine phase-contrast Cardiovascular Magnetic Resonance (CMR) images. Three-dimensional (3D), time-resolved phase-contrast CMR with three-directional velocity encoding (4D flow CMR) permits assessment of net flow volumes and flow patterns retrospectively at any location in a time-resolved 3D volume. However, analysis of these datasets can be demanding. The aim of this study is to develop and evaluate a fully automatic method for segmentation and analysis of 4D flow CMR data of the great thoracic vessels. Methods: The proposed method utilizes atlas-based segmentation to segment the great thoracic vessels in systole, and registration between different time frames of the cardiac cycle in order to segment these vessels over time. Additionally, net flow volumes are calculated automatically at locations of interest. The method was applied on 4D flow CMR datasets obtained from 11 healthy volunteers and 10 patients with heart failure. Evaluation of the method was performed visually, and by comparison of net flow volumes in the ascending aorta obtained automatically (using the proposed method), and semi-automatically. Further evaluation was done by comparison of net flow volumes obtained automatically at different locations in the aorta, pulmonary artery, and caval veins. Results: Visual evaluation of the generated segmentations resulted in good outcomes for all the major vessels in all but one dataset. The comparison between automatically and semi-automatically obtained net flow volumes in the ascending aorta resulted in very high correlation (r(2) = 0.926). Moreover, comparison of the net flow volumes obtained automatically in other vessel locations also produced high correlations where expected: pulmonary trunk vs. proximal ascending aorta (r(2) = 0.955), pulmonary trunk vs. pulmonary branches (r(2) = 0.808), and pulmonary trunk vs. caval veins (r(2) = 0.906). Conclusions: The proposed method allows for automatic analysis of 4D flow CMR data, including vessel segmentation, assessment of flow volumes at locations of interest, and 4D flow visualization. This constitutes an important step towards facilitating the clinical utility of 4D flow CMR.

    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    BIOMED CENTRAL LTD, 2015
    Nyckelord
    4D flow cardiovascular magnetic resonance (4D flow CMR); Flow volume; Image segmentation; Image registration; Phase contrast
    Nationell ämneskategori
    Klinisk medicin
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-122197 (URN)10.1186/s12968-015-0190-5 (DOI)000362164100002 ()26438074 (PubMedID)
    Anmärkning

    Funding Agencies|Swedish Heart and Lung foundation; Swedish Research Council; European Research Council (HEART4FLOW) [310612]

    Tillgänglig från: 2015-10-26 Skapad: 2015-10-23 Senast uppdaterad: 2018-03-22
    3. Improving visualization of 4D flow cardiovascular magnetic resonance with four-dimensional angiographic data: generation of a 4D phase-contrast magnetic resonance CardioAngiography (4D PC-MRCA)
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Improving visualization of 4D flow cardiovascular magnetic resonance with four-dimensional angiographic data: generation of a 4D phase-contrast magnetic resonance CardioAngiography (4D PC-MRCA)
    2017 (Engelska)Ingår i: Journal of Cardiovascular Magnetic Resonance, ISSN 1097-6647, E-ISSN 1532-429X, Vol. 19, artikel-id 47Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    Magnetic Resonance Angiography (MRA) and Phase-Contrast MRA (PC-MRA) approaches used for assessment of cardiovascular morphology typically result in data containing information from the entire cardiac cycle combined into one 2D or 3D image. Information specific to each timeframe of the cardiac cycle is, however, lost in this process. This study proposes a novel technique, called Phase-Contrast Magnetic Resonance CardioAngiography (4D PC-MRCA), that utilizes the full potential of 4D Flow CMR when generating temporally resolved PC-MRA data to improve visualization of the heart and major vessels throughout the cardiac cycle. Using non-rigid registration between the timeframes of the 4D Flow CMR acquisition, the technique concentrates information from the entire cardiac cycle into an angiographic dataset at one specific timeframe, taking movement over the cardiac cycle into account. Registration between the timeframes is used once more to generate a time-resolved angiography. The method was evaluated in ten healthy volunteers. Visual comparison of the 4D PC-MRCAs versus PC-MRAs generated from 4D Flow CMR using the traditional approach was performed by two observers using Maximum Intensity Projections (MIPs). The 4D PC-MRCAs resulted in better visibility of the main anatomical regions of the cardiovascular system, especially where cardiac or vessel motion was present. The proposed method represents an improvement over previous PC-MRA generation techniques that rely on 4D Flow CMR, as it effectively utilizes all the information available in the acquisition. The 4D PC-MRCA can be used to visualize the motion of the heart and major vessels throughout the entire cardiac cycle.

    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    BIOMED CENTRAL LTD, 2017
    Nyckelord
    Computer-Assisted Image Analysis; 4D flow cardiovascular magnetic resonance (4D flow CMR); Phase-Contrast Magnetic Resonance Angiography (PC-MRA)
    Nationell ämneskategori
    Radiologi och bildbehandling
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-139277 (URN)10.1186/s12968-017-0360-8 (DOI)000404063800001 ()28645326 (PubMedID)
    Anmärkning

    Funding Agencies|European Research Council [310612]; Swedish Heart and Lung foundation [20140398]; Swedish Research Council [621-2014-6191]

    Tillgänglig från: 2017-07-07 Skapad: 2017-07-07 Senast uppdaterad: 2018-03-22
    4. Creating Hemodynamic Atlases of Cardiac 4D Flow MRI
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Creating Hemodynamic Atlases of Cardiac 4D Flow MRI
    Visa övriga...
    2017 (Engelska)Ingår i: Journal of Magnetic Resonance Imaging, ISSN 1053-1807, E-ISSN 1522-2586, Vol. 46, nr 5, s. 1389-1399Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    Purpose: Hemodynamic atlases can add to the pathophysiological understanding of cardiac diseases. This study proposes a method to create hemodynamic atlases using 4D Flow magnetic resonance imaging (MRI). The method is demonstrated for kinetic energy (KE) and helicity density (Hd). Materials and Methods: Thirteen healthy subjects underwent 4D Flow MRI at 3T. Phase-contrast magnetic resonance cardioangiographies (PC-MRCAs) and an average heart were created and segmented. The PC-MRCAs, KE, and Hd were nonrigidly registered to the average heart to create atlases. The method was compared with 1) rigid, 2) affine registration of the PC-MRCAs, and 3) affine registration of segmentations. The peak and mean KE and Hd before and after registration were calculated to evaluate interpolation error due to nonrigid registration. Results: The segmentations deformed using nonrigid registration overlapped (median: 92.3%) more than rigid (23.1%, P amp;lt; 0.001), and affine registration of PC-MRCAs (38.5%, P amp;lt; 0.001) and affine registration of segmentations (61.5%, P amp;lt; 0.001). The peak KE was 4.9 mJ using the proposed method and affine registration of segmentations (P50.91), 3.5 mJ using rigid registration (P amp;lt; 0.001), and 4.2 mJ using affine registration of the PC-MRCAs (P amp;lt; 0.001). The mean KE was 1.1 mJ using the proposed method, 0.8 mJ using rigid registration (P amp;lt; 0.001), 0.9 mJ using affine registration of the PC-MRCAs (P amp;lt; 0.001), and 1.0 mJ using affine registration of segmentations (P50.028). The interpolation error was 5.262.6% at mid-systole, 2.863.8% at early diastole for peak KE; 9.669.3% at mid-systole, 4.064.6% at early diastole, and 4.964.6% at late diastole for peak Hd. The mean KE and Hd were not affected by interpolation. Conclusion: Hemodynamic atlases can be obtained with minimal user interaction using nonrigid registration of 4D Flow MRI. Level of Evidence: 2 Technical Efficacy: Stage 1

    Ort, förlag, år, upplaga, sidor
    WILEY, 2017
    Nationell ämneskategori
    Medicinsk bildbehandling
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-142968 (URN)10.1002/jmri.25691 (DOI)000412894800015 ()28295788 (PubMedID)
    Anmärkning

    Funding Agencies|ERC [Heart4flow, 310612]; Swedish Research Council [621-2014-6191]; Swedish Heart and Lung Foundation [20140398]

    Tillgänglig från: 2017-11-13 Skapad: 2017-11-13 Senast uppdaterad: 2018-03-22
  • 2.
    Bustamante, Mariana
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa, Avdelningen för kardiovaskulär medicin. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten. Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV.
    Gupta, Vikas
    Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa, Avdelningen för kardiovaskulär medicin. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten. Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV.
    Forsberg, Daniel
    Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV. Sectra, Linköping, Sweden.
    Carlhäll, Carljohan
    Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa, Avdelningen för kardiovaskulär medicin. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten. Region Östergötland, Hjärt- och Medicincentrum, Fysiologiska kliniken US.
    Engvall, Jan
    Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa, Avdelningen för kardiovaskulär medicin. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten. Region Östergötland, Hjärt- och Medicincentrum, Fysiologiska kliniken US.
    Ebbers, Tino
    Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa, Avdelningen för kardiovaskulär medicin. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten. Region Östergötland, Hjärt- och Medicincentrum, Fysiologiska kliniken US. Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV.
    Automated multi-atlas segmentation of cardiac 4D flow MRI2018Ingår i: Medical Image Analysis, ISSN 1361-8415, E-ISSN 1361-8423, Vol. 49, s. 128-140Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Four-dimensional (4D) flow magnetic resonance imaging (4D Flow MRI) enables acquisition of time-resolved three-directional velocity data in the entire heart and all major thoracic vessels. The segmentation of these tissues is typically performed using semi-automatic methods. Some of which primarily rely on the velocity data and result in a segmentation of the vessels only during the systolic phases. Other methods, mostly applied on the heart, rely on separately acquired balanced Steady State Free Precession (b-SSFP) MR images, after which the segmentations are superimposed on the 4D Flow MRI. While b-SSFP images typically cover the whole cardiac cycle and have good contrast, they suffer from a number of problems, such as large slice thickness, limited coverage of the cardiac anatomy, and being prone to displacement errors caused by respiratory motion. To address these limitations we propose a multi-atlas segmentation method, which relies only on 4D Flow MRI data, to automatically generate four-dimensional segmentations that include the entire thoracic cardiovascular system present in these datasets. The approach was evaluated on 4D Flow MR datasets from a cohort of 27 healthy volunteers and 83 patients with mildly impaired systolic left-ventricular function. Comparison of manual and automatic segmentations of the cardiac chambers at end-systolic and end-diastolic timeframes showed agreements comparable to those previously reported for automatic segmentation methods of b-SSFP MR images. Furthermore, automatic segmentation of the entire thoracic cardiovascular system improves visualization of 4D Flow MRI and facilitates computation of hemodynamic parameters.

    Publikationen är tillgänglig i fulltext från 2020-08-13 11:32
  • 3.
    Bustamante, Mariana
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa, Avdelningen för kardiovaskulär medicin. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten.
    Petersson, Sven
    Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa. Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten.
    Eriksson, Jonatan
    Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa, Avdelningen för kardiovaskulär medicin. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten. Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV.
    Alehagen, Urban
    Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa, Avdelningen för kardiovaskulär medicin. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten. Region Östergötland, Hjärt- och Medicincentrum, Kardiologiska kliniken US.
    Dyverfeldt, Petter
    Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa, Avdelningen för kardiovaskulär medicin. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten. Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV.
    Carlhäll, Carljohan
    Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa, Avdelningen för kardiovaskulär medicin. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten. Region Östergötland, Hjärt- och Medicincentrum, Fysiologiska kliniken US. Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV.
    Ebbers, Tino
    Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa, Avdelningen för kardiovaskulär medicin. Linköpings universitet, Medicinska fakulteten. Region Östergötland, Hjärt- och Medicincentrum, Fysiologiska kliniken US. Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV.
    Atlas-based analysis of 4D flow CMR: Automated vessel segmentation and flow quantification2015Ingår i: Journal of Cardiovascular Magnetic Resonance, ISSN 1097-6647, E-ISSN 1532-429X, Vol. 17, nr 87Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background: Flow volume quantification in the great thoracic vessels is used in the assessment of several cardiovascular diseases. Clinically, it is often based on semi-automatic segmentation of a vessel throughout the cardiac cycle in 2D cine phase-contrast Cardiovascular Magnetic Resonance (CMR) images. Three-dimensional (3D), time-resolved phase-contrast CMR with three-directional velocity encoding (4D flow CMR) permits assessment of net flow volumes and flow patterns retrospectively at any location in a time-resolved 3D volume. However, analysis of these datasets can be demanding. The aim of this study is to develop and evaluate a fully automatic method for segmentation and analysis of 4D flow CMR data of the great thoracic vessels. Methods: The proposed method utilizes atlas-based segmentation to segment the great thoracic vessels in systole, and registration between different time frames of the cardiac cycle in order to segment these vessels over time. Additionally, net flow volumes are calculated automatically at locations of interest. The method was applied on 4D flow CMR datasets obtained from 11 healthy volunteers and 10 patients with heart failure. Evaluation of the method was performed visually, and by comparison of net flow volumes in the ascending aorta obtained automatically (using the proposed method), and semi-automatically. Further evaluation was done by comparison of net flow volumes obtained automatically at different locations in the aorta, pulmonary artery, and caval veins. Results: Visual evaluation of the generated segmentations resulted in good outcomes for all the major vessels in all but one dataset. The comparison between automatically and semi-automatically obtained net flow volumes in the ascending aorta resulted in very high correlation (r(2) = 0.926). Moreover, comparison of the net flow volumes obtained automatically in other vessel locations also produced high correlations where expected: pulmonary trunk vs. proximal ascending aorta (r(2) = 0.955), pulmonary trunk vs. pulmonary branches (r(2) = 0.808), and pulmonary trunk vs. caval veins (r(2) = 0.906). Conclusions: The proposed method allows for automatic analysis of 4D flow CMR data, including vessel segmentation, assessment of flow volumes at locations of interest, and 4D flow visualization. This constitutes an important step towards facilitating the clinical utility of 4D flow CMR.

1 - 3 av 3
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf