liu.seSök publikationer i DiVA
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
12345 101 - 150 av 250
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 101.
    Jonsson, C.
    et al.
    Jönsson, C., Åmic AB, Uppsala, Sweden, Biomedical Diagnostics Institute, NCSR Building, Dublin City University, Glasnevin Dublin 9, Ireland.
    Aronsson, M.
    Åmic AB, Uppsala, Sweden.
    Rundstrom, G.
    Rundström, G., Åmic AB, Uppsala, Sweden.
    Pettersson, C.
    Åmic AB, Uppsala, Sweden.
    Mendel-Hartvig, I.
    Åmic AB, Uppsala, Sweden.
    Bakker, J.
    Åmic AB, Uppsala, Sweden, Biomedical Diagnostics Institute, NCSR Building, Dublin City University, Glasnevin Dublin 9, Ireland.
    Martinsson, Erik
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    MacCraith, B.
    Biomedical Diagnostics Institute, NCSR Building, Dublin City University, Glasnevin Dublin 9, Ireland.
    Ohman, O.
    Öhman, O., Åmic AB, Uppsala, Sweden.
    Melin, J.
    Åmic AB, Uppsala, Sweden, Biomedical Diagnostics Institute, NCSR Building, Dublin City University, Glasnevin Dublin 9, Ireland.
    Silane-dextran chemistry on lateral flow polymer chips for immunoassays2008Ingår i: Lab on a Chip, ISSN 1473-0197, E-ISSN 1473-0189, Vol. 8, nr 7, s. 1191-1197Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The prognosis for patients suffering from cardiovascular and many other diseases can be substantially improved if diagnosed at an early stage. High performance diagnostic testing using disposable microfluidic chips can provide a platform for realizing this vision. Åmic AB (Uppsala, Sweden) has developed a new microfluidic test chip for sandwich immunoassays fabricated by injection molding of the cycloolefin-copolymer Zeonor™. A highly ordered array of micropillars within the fluidic chip distributes the sample solution by capillary action. Since wetting of the pillar array surface is the only driving force for liquid distribution precise control of the surface chemistry is crucial. In this work we demonstrate a novel protocol for surface hydrophilization and antibody immobilization on cycloolefin-copolymer test chips, based on direct silanisation of the thermoplastic substrate. Dextran is subsequently covalently coupled to amino groups, thus providing a coating with a low contact angle suitable for antibody immobilization. The contact angle of dextran coated chips is stable for at least two months, which enables production of large batches that can be stored for extended periods of time. We demonstrate the utility of the presented platform and surface chemistry in a C-reactive protein assay with a detection limit of 2.6 ng ml-1, a dynamic range of 102 and a coefficient of variance of 15%. © The Royal Society of Chemistry.

  • 102.
    Kanmert, Daniel
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Brorsson, Ann-Christin
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Molekylär Bioteknik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Enander, Karin
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    In Vitro Amyloid Fibril Formation of Human IgG-FcManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Both light and heavy chains of human antibodies are known to be associated with immunoglobulin related amyloidosis, but in vitro formation of amyloid fibrils has previously only been reported for light chain sequences. Here we show that fibrillation of the Fc fragment of human IgG of all subclasses can be induced by heating to at least 75°C at neutral pH and physiological salt concentration. The observed protein assemblies share key properties with those constituting amyloid, i.e. they are thioflavinophilic and congophilic and have a typical fibril appearance in the transmission electron microscope. This study of the amyloidogenic properties of human IgG-Fc, comprising the CH2 and CH3 domains of the IgG heavy chain, is important for increasing the understanding of which parts of IgG that could be involved in amyloid formation in vivo.

  • 103.
    Kanmert, Daniel
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Enander, Karin
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Human IgG-Fc Forms an Alternatively Folded State at Low pHManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Anion-induced formation of so-called alternatively folded states has previously been described for murine IgG, IgG-Fab and several separate antibody domains, including CH3, at low pH. In this report, we confirm that this property can also be extended to the full Fc fragment of IgG. When incubating human IgG4-Fc at pH 2.0 in the presence of NaCl, the protein adopts a conformation that is characterized by a high degree of secondary structure but less well-defined tertiary structure compared to the native state. In contrast to both a classical molten globule and an acid-induced A state, however, the alternatively folded protein appears very stable toward chemical denaturation and unfolds in cooperative transitions. It further forms oligomeric assemblies that are primarily composed of dimers and dodecamers, and when incubated at physiologic temperatures with agitation, it displays prefibrillar structures that are both thioflavinophilic and congophilic.

  • 104.
    Kanmert, Daniel
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Kastbom, Alf
    Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Reumatologi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Östergötlands Läns Landsting, Hjärt- och Medicincentrum, Reumatologiska kliniken i Östergötland.
    Almroth, Gunnel
    Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Reumatologi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet.
    Skogh, Thomas
    Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Reumatologi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Östergötlands Läns Landsting, Hjärt- och Medicincentrum, Reumatologiska kliniken i Östergötland.
    Enander, Karin
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Wetterö, Jonas
    Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Reumatologi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet.
    IgG Rheumatoid Factor Against the Four Human Fc-gamma Subclasses in Early Rheumatoid Arthritis (the Swedish TIRA Project)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Rheumatoid factor (RF), i.e. a family of autoantibodies against the Fc part of IgG, is an important seromarker of rheumatoid arthritis (RA). Traditional particle agglutination without disclosing the antibody isotype remains the predominating diagnostic method in clinical routine. Although IgG-RF attracts pathogenic interest, its detection remains technically challenging. The present study aimed at developing a set of tests identifying IgG-RFs directed against the four IgG subclasses. IgG-RF against either subclass of human IgG-Fc were analyzed with four novel enzyme-linked immunosorbent assays (ELISAs) utilizing four recombinant human Fc-gamma fragments (hIgG1-4) as sources of antigen. Sera from 40 patients with recent-onset RA (20 seropositive and 20 seronegative by IgM-RF and IgA-RF-isotype specific ELISA) were analyzed. Sera from 20 healthy blood donors served as reference. Among the IgM-/IgA-RF positive RA-sera, IgG-RF was found directed against hIgG1, hIgG4, and most notably, with strikingly high reactivity against hIgG2, but not hIgG3. Significant correlations were seen between IgG-RF against hIgG2-Fc and IgA-RF (r = 0.513) and IgM-RF (r = 0.736) levels. Further prospective studies are warranted to elucidate any correlation to disease course and outcome.

  • 105.
    Khan, Farhan A.
    et al.
    Vienna University of Technology, Austria .
    Rabong, Constantin
    Vienna University of Technology, Austria .
    Jordis, Ulrich
    Vienna University of Technology, Austria .
    Phopase, Jaywant
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Surprising behavior of NXO-peptides toward the lithium hydroxide solvolysis2013Ingår i: Tetrahedron Letters, ISSN 0040-4039, E-ISSN 1359-8562, Vol. 54, nr 28, s. 3679-3682Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    An unexpected rearrangement of NXO peptides was observed during solvolysis of the methyl ester using lithium hydroxide as the base. It was found that the NXO-compounds rearranged into semioxamazide derivatives in which the ester is derived from the alcohol used as the reaction solvent.

  • 106.
    Khan, Farhan A.
    et al.
    COMSATS Institute Informat Technology, Pakistan .
    Rabong, Constantin
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Jordis, Ulrich
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Phopase, Jaywant
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Surprising behavior of NXO-peptides toward the lithium hydroxide solvolysis (vol 54, pg 3679, 2013)2013Övrigt (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    n/a

  • 107.
    Khranovskyy, Volodymyr
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Halvledarmaterial. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Ekblad, Tobias
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Yakimova, Rositsa
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Halvledarmaterial. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Hultman, Lars
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Tunnfilmsfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Surface morphology effects on the light-controlled wettability of ZnO nanostructures2012Ingår i: Applied Surface Science, ISSN 0169-4332, E-ISSN 1873-5584, Vol. 258, nr 20, s. 8146-8152Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    ZnO nanostructures of diverse morphology with shapes of corrals and cabbages as well as open and filled hexagons and sheaves prepared by APMOCVD technique, are investigated with water contact angle (CA) analysis. The as-grown ZnO nanostructures exhibit pure hydrophobic behavior, which is enhanced with the increase of the nanostructures surface area. The most hydrophobic structures (CA = 124 degrees) were found to be the complex nanosheaf, containing both the macro-and nanoscale features. It is concluded that the nanoscale roughness contributes significantly to the hydrophobicity increase. The character of wettability was possible to switch from hydrophobic-to-superhydrophilic state upon ultra violet irradiation. Both the rate and amplitude of the contact angle depend on the characteristic size of nanostructure. The observed effect is explained due to the semiconductor properties of zinc oxide enhanced by increased surface chemistry effect in nanostructures.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 108.
    Klasson, Anna
    et al.
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för medicin och vård, Medicinsk radiologi. Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV.
    Engström, Maria
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för medicin och vård, Medicinsk radiologi. Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV.
    Pedersen, Henrik
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi.
    Käll, Per-Olov
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Fysikalisk Kemi.
    Uvdal, Kajsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Cell tracking with novel contrast agents fromed by gadolinium oxide nanoparticels2005Ingår i: ESMRMB,2005, 2005Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 109.
    Klasson, Anna
    et al.
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för medicin och vård, Medicinsk radiologi. Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV.
    Hellqvist, Eva
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för biomedicin och kirurgi, Avdelningen för medicinsk cellbiologi.
    Rosén, Anders
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för biomedicin och kirurgi, Avdelningen för medicinsk cellbiologi.
    Käll, Per-Olov
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Fysikalisk Kemi.
    Uvdal, Kajsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Engström, Maria
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för medicin och vård, Medicinsk radiologi. Linköpings universitet, Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV.
    Cell tracking with positive contrast using Gd2O3 nanoparticles2006Ingår i: ESMRMB,2006, 2006Konferensbidrag (Övrigt vetenskapligt)
  • 110. Beställ onlineKöp publikationen >>
    Klenkar, Goran
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Protein Microarray Chips2007Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [sv]

    Livet tas för givet av de flesta. Det finns däremot många som ägnar stora delar av sitt liv för att försöka lösa dess mysterier. En del av lösningen ligger i att förstå hur alla molekyler är sammanlänkade i det gigantiska nätverk som definierar den levande organismen. Under det senaste seklet har en hel del forskning utförts för att kartlägga dessa nätverk. Resultatet av dessa mödor kan vi se i de läkemedel som vi har idag och som har utvecklats för att bota eller åtminstone lindra olika sjukdomar och tillstånd. Dessvärre finns det fortfarande många sjukdomar som är obotliga (t.ex. cancer) och mycket arbete krävs för att förstå dem till fullo och kunna designa framgångsrika behandlingar. Arbetet i denna avhandling beskriver en analytisk plattform som kan användas för att effektivisera kartläggningsprocessen; protein-mikroarrayer. Mikroarrayer är ytor som har mikrometerstora (tusendels millimeter) strukturer i ett regelbundet mönster med möjligheten att studera många interaktioner mellan biologiska molekyler samtidigt. Detta medför snabbare och fler analyser - till en lägre kostnad. Protein-mikroarrayer har funnits i ungefär ett decennium och har följt i fotspåren av de framgångsrika DNA-mikroarrayerna. Man bedömer att protein-mikroarrayerna har en minst lika stor potential som DNA mikroarrayerna då det egentligen är mer relevant att studera proteiner, som är de funktionsreglerande molekylerna i en organism. Vi har i detta arbete tillverkat modellytor för stabil inbindning av proteiner, som lämnar dem intakta, funktionella och korrekt orienterade i ett mikroarray format. Därmed har vi adresserat ett stort problem med protein mikroarrays, nämligen att proteiner är känsliga molekyler och har i många fall svårt att överleva tillverkningsprocessen av mikroarrayerna. Vi har även studerat en metod att tillverka mikroarrayer av proteiner bundna till strukturer, som modellerats att efterlikna cellytor. Detta är särkilt viktigt eftersom många (hälften) av dagens (och säkerligen framtidens) läkemedel är riktade mot att påverka denna typ av proteiner och att studera dessa i sin naturliga miljö är därför väldigt relevant. I ett annat projekt har vi använt protein mikroarrayer för att detektera fyra vanliga droger (heroin, amfetamin, ecstasy och kokain). Detektionen baseras på användandet av antikroppar som lossnar från platser på ytan när de kommer i kontakt med ett narkotikum. Detta koncept kan enkelt utvecklas till att detektera mer än bara fyra droger. Vi har även lyckats att parallellt mäta förekomsten av en annan typ av förening på mikroarray ytan, nämligen det explosiva ämnet trinitrotoluen (TNT). Detta visar på en mångsidig plattform för detektionen av i princip vilken typ av farlig eller olaglig substans som helst - och på en yta! Vi föreställer oss därför att möjliga tillämpningsområden finns inom brottsbekämpning, i kampen mot terrorism och mot narkotikamissbruk etc. Mikroarrayerna har i denna avhandling utforskats med optiska metoder som tillåter studie av omärkta proteiner, vilket resulterar i så naturliga molekyler som möjligt.

    Delarbeten
    1. Piezo Dispensed Microarray of Multivalent Chelating Thiols for Dissecting Complex Protein-Protein Interactions
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Piezo Dispensed Microarray of Multivalent Chelating Thiols for Dissecting Complex Protein-Protein Interactions
    Visa övriga...
    2006 (Engelska)Ingår i: Analytical Chemistry, ISSN 0003-2700, Vol. 78, nr 11, s. 3643-3650Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    The fabrication of a novel biochip, designed for dissection of multiprotein complex formation, is reported. An array of metal chelators has been produced by piezo dispensing of a bis-nitrilotriacetic acid (bis-NTA) thiol on evaporated gold thin films, prestructured with a microcontact printed grid of eicosanethiols. The bis-NTA thiol is mixed in various proportions with an inert, tri(ethylene glycol) hexadecane thiol, and the thickness and morphological homogeneity of the dispensed layers are characterized by imaging ellipsometry before and after back-filling with the same inert thiol and subsequent rinsing. It is found that the dispensed areas display a monotonic increase in thickness with increasing molar fraction of bis-NTA in the dispensing solution, and they are consistently a few Ångströms thicker than those prepared at the same molar fraction by solution self-assembly under equilibrium-like conditions. The bulkiness of the bis-NTA tail group and the short period of time available for chemisorption and in-plane organization of the dispensed thiols are most likely responsible for the observed difference in thickness. Moreover, the functional properties of this biochip are demonstrated by studying multiple protein−protein interactions using imaging surface plasmon resonance. The subunits of the type I interferon receptor are immobilized as a composition array determined by the surface concentration of bis-NTA in the array elements. Ligand dissociation kinetics depends on the receptor surface concentration, which is ascribed to the formation of a ternary complex by simultaneous interaction of the ligand with the two receptor subunits. Thus, multiplexed monitoring of binding phenomena at various compositions (receptor densities) offers a powerful tool to dissect protein−protein interactions.

    Nationell ämneskategori
    Naturvetenskap
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-14515 (URN)10.1021/ac060024+ (DOI)
    Tillgänglig från: 2007-05-22 Skapad: 2007-05-22 Senast uppdaterad: 2009-05-22
    2. Differential Protein Assembly on Micropatterned Surfaces with Tailored Molecular and Surface Multivalency
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Differential Protein Assembly on Micropatterned Surfaces with Tailored Molecular and Surface Multivalency
    Visa övriga...
    2006 (Engelska)Ingår i: ChemBioChem, ISSN 1439-4227, Vol. 7, nr 9, s. 1325-1329Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nyckelord
    arrays, multivalent interactions, nitrilotriacetic acid, protein-protein interactions, surface plasmon resonance
    Nationell ämneskategori
    Naturvetenskap
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-14516 (URN)10.1002/cbic.200600176 (DOI)
    Tillgänglig från: 2007-05-22 Skapad: 2007-05-22 Senast uppdaterad: 2009-06-08
    3. Multivalent Self-Assembled Monolayers with Terminal Mono-, Bis-, and Tris-nitrilotriacetic Acid Groups: Characterization and Application
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Multivalent Self-Assembled Monolayers with Terminal Mono-, Bis-, and Tris-nitrilotriacetic Acid Groups: Characterization and Application
    Visa övriga...
    Manuskript (Övrigt vetenskapligt)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-14517 (URN)
    Tillgänglig från: 2007-05-22 Skapad: 2007-05-22 Senast uppdaterad: 2010-01-13
    4. A Microarray for Addressable Adsorption of Lipid Vesicles and Subsequent Protein Interaction Studies
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A Microarray for Addressable Adsorption of Lipid Vesicles and Subsequent Protein Interaction Studies
    Visa övriga...
    Manuskript (Övrigt vetenskapligt)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-14518 (URN)
    Tillgänglig från: 2007-05-22 Skapad: 2007-05-22 Senast uppdaterad: 2010-01-13
    5. A Microarray Chip for Label-Free Detection of Narcotics
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A Microarray Chip for Label-Free Detection of Narcotics
    2008 (Engelska)Ingår i: Analytical and Bioanalytical Chemistry, ISSN 1618-2642, E-ISSN 1618-2650, Vol. 391, nr 5, s. 1679-1688Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    A protein array chip for label-free optical detection of low molecular weight compounds has been developed. As a proof of principle, the chip is proven capable of rapidly (approximately 1 min) determining hits from aqueous cocktails composed of four common narcotics, cocaine, ecstasy, heroin, and amphetamine, using imaging surface plasmon resonance (SPR) as the detection principle. The chip is produced by injecting a mixture of antibodies and letting them self-sort and bind to narcotic analog coupled proteins already present in a predefined pattern on the supporting substrate. An indirect detection method, where antibodies are displaced from the surface upon recognition of their corresponding narcotics, is used to obtain the optical contrast and thus a detectable SPR and/or ellipsometric signal. Two types of readouts are possible from the present setup: intensity SPR images and SPR/ellipsometric sensorgrams. Positive hits were routinely obtained for analyte concentrations of 50 pg/μL and the limit of detection, without any parameter optimizations, seems to fall in the range 0.5 pg/μL (1.4 nM) for heroin, 2.5 pg/μL (8.2 nM) for cocaine, and 5 pg/μL for the other two narcotics (26 nM for ecstasy and 37 nM for amphetamine). With improved readout possibilities (sampling frequency), signal evaluation algorithms, and antibody–antigen design strategies, we believe this limit can be further improved. The chip is shown to work for many measurement cycles with excellent reproducibility. Moreover, with a more advanced fluidic system, excess injected antibodies could be collected and reused for many cycles, which could make the running costs of the system very low. The chip is in no way limited to detection of narcotics. Other low molecular weight compounds could easily be detected on the same chip. For example, trinitrotoluene detection has already been demonstrated using our chip. Possible areas of application for the system are therefore envisaged in airport and underground transport security, customs, drug interdiction, forensics, and as warning alerts on military equipment and personnel.

    Nyckelord
    Protein microarray, Imaging surface plasmon resonance, Imaging ellipsometry, Narcotics trace detection, Biosensors, Antibody displacement
    Nationell ämneskategori
    Naturvetenskap
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-14519 (URN)10.1007/s00216-008-1839-9 (DOI)
    Tillgänglig från: 2007-05-22 Skapad: 2007-05-22 Senast uppdaterad: 2017-12-13
    Ladda ner fulltext (pdf)
    FULLTEXT01
  • 111.
    Klenkar, Goran
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Brian, Björn
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Ederth, Thomas
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Stengel, Gudrun
    Chalmers.
    Hook, Fredrik
    Chalmers.
    Piehler, Jacob
    University of Frankfurt.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Addressable adsorption of lipid vesicles and subsequent protein interaction studies2008Ingår i: BIOINTERPHASES, ISSN 1559-4106, Vol. 3, nr 2, s. 29-37Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    We demonstrate a convenient chip platform for the addressable immobilization of protein-loaded vesicles on a microarray for parallelized, high-throughput analysis of lipid-protein systems. Self-sorting of the vesicles on the microarray was achieved through DNA bar coding of the vesicles and their hybridization to complementary strands, which are preimmobilized in defined array positions on the chip. Imaging surface plasmon resonance in ellipsometric mode was used to monitor vesicle immobilization, protein tethering, protein-protein interactions, and chip regeneration. The immobilization strategy proved highly specific and stable and presents a mild method for the anchoring of vesicles to predefined areas of a surface, while unspecific adsorption to both noncomplementary regions and background areas is nonexistent or, alternatively, undetectable. Furthermore, histidine-tagged receptors have been stably and functionally immobilized via bis-nitrilotriacetic acid chelators already present in the vesicle membranes. It was discovered though that online loading of proteins to immobilized vesicles leads to cross contamination of previously loaded vesicles and that it was necessary to load the vesicles offline in order to obtain pure protein populations on the vesicles. We have used this cross-binding effect to our benefit by coimmobilizing two receptor subunits in different ratios on the vesicle surface and successfully demonstrated ternary complex formation with their ligand. This approach is suitable for mechanistic studies of complex multicomponent analyses involving membrane-bound systems.

  • 112.
    Klenkar, Goran
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    A Microarray Chip for Label-Free Detection of Narcotics2008Ingår i: Analytical and Bioanalytical Chemistry, ISSN 1618-2642, E-ISSN 1618-2650, Vol. 391, nr 5, s. 1679-1688Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A protein array chip for label-free optical detection of low molecular weight compounds has been developed. As a proof of principle, the chip is proven capable of rapidly (approximately 1 min) determining hits from aqueous cocktails composed of four common narcotics, cocaine, ecstasy, heroin, and amphetamine, using imaging surface plasmon resonance (SPR) as the detection principle. The chip is produced by injecting a mixture of antibodies and letting them self-sort and bind to narcotic analog coupled proteins already present in a predefined pattern on the supporting substrate. An indirect detection method, where antibodies are displaced from the surface upon recognition of their corresponding narcotics, is used to obtain the optical contrast and thus a detectable SPR and/or ellipsometric signal. Two types of readouts are possible from the present setup: intensity SPR images and SPR/ellipsometric sensorgrams. Positive hits were routinely obtained for analyte concentrations of 50 pg/μL and the limit of detection, without any parameter optimizations, seems to fall in the range 0.5 pg/μL (1.4 nM) for heroin, 2.5 pg/μL (8.2 nM) for cocaine, and 5 pg/μL for the other two narcotics (26 nM for ecstasy and 37 nM for amphetamine). With improved readout possibilities (sampling frequency), signal evaluation algorithms, and antibody–antigen design strategies, we believe this limit can be further improved. The chip is shown to work for many measurement cycles with excellent reproducibility. Moreover, with a more advanced fluidic system, excess injected antibodies could be collected and reused for many cycles, which could make the running costs of the system very low. The chip is in no way limited to detection of narcotics. Other low molecular weight compounds could easily be detected on the same chip. For example, trinitrotoluene detection has already been demonstrated using our chip. Possible areas of application for the system are therefore envisaged in airport and underground transport security, customs, drug interdiction, forensics, and as warning alerts on military equipment and personnel.

  • 113.
    Klenkar, Goran
    et al.
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Valiokas, Ramunas
    IFM .
    Lundström, Ingemar
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Tillämpad Fysik.
    Tinazli, A.
    Tampé, R.
    Piehler, J.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Micro-fabricated array chips based on multivalent chelating thiols: production, characterization and application2006Övrigt (Övrig (populärvetenskap, debatt, mm))
    Abstract [en]

    Posterbidrag på Biosensors 2006 kongress, Toronto, Kanada, 10-12 maj

  • 114.
    Klenkar, Goran
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Valiokas, Ramunas
    Molecular Compounds Physics Laboratory, Institute of Physics, Vilnius, Lithuania.
    Lundström, Ingemar
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Tillämpad Fysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Tinazli, Ali
    Institute of Biochemistry, Johann Wolfgang Goethe-University, Frankfurt, Germany.
    Tampé, Robert
    Institute of Biochemistry, Johann Wolfgang Goethe-University, Frankfurt, Germany.
    Piehler, Jacob
    Institute of Biochemistry, Johann Wolfgang Goethe-University, Frankfurt, Germany.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Piezo Dispensed Microarray of Multivalent Chelating Thiols for Dissecting Complex Protein-Protein Interactions2006Ingår i: Analytical Chemistry, ISSN 0003-2700, Vol. 78, nr 11, s. 3643-3650Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The fabrication of a novel biochip, designed for dissection of multiprotein complex formation, is reported. An array of metal chelators has been produced by piezo dispensing of a bis-nitrilotriacetic acid (bis-NTA) thiol on evaporated gold thin films, prestructured with a microcontact printed grid of eicosanethiols. The bis-NTA thiol is mixed in various proportions with an inert, tri(ethylene glycol) hexadecane thiol, and the thickness and morphological homogeneity of the dispensed layers are characterized by imaging ellipsometry before and after back-filling with the same inert thiol and subsequent rinsing. It is found that the dispensed areas display a monotonic increase in thickness with increasing molar fraction of bis-NTA in the dispensing solution, and they are consistently a few Ångströms thicker than those prepared at the same molar fraction by solution self-assembly under equilibrium-like conditions. The bulkiness of the bis-NTA tail group and the short period of time available for chemisorption and in-plane organization of the dispensed thiols are most likely responsible for the observed difference in thickness. Moreover, the functional properties of this biochip are demonstrated by studying multiple protein−protein interactions using imaging surface plasmon resonance. The subunits of the type I interferon receptor are immobilized as a composition array determined by the surface concentration of bis-NTA in the array elements. Ligand dissociation kinetics depends on the receptor surface concentration, which is ascribed to the formation of a ternary complex by simultaneous interaction of the ligand with the two receptor subunits. Thus, multiplexed monitoring of binding phenomena at various compositions (receptor densities) offers a powerful tool to dissect protein−protein interactions.

  • 115.
    Klett, Oliver
    et al.
    Uppsala universitet.
    Björefors, Fredrik
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Nyholm, Leif
    Uppsala universitet.
    Elimination of High-Voltage Field Effects in End Column Electrochemical Detection in Capillary Electrophoresis by Use of On-Chip Microband Electrodes2001Ingår i: Analytical Chemistry, ISSN 0003-2700, E-ISSN 1520-6882, Vol. 73, nr 8, s. 1909-1915Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 116.
    Koh, Li Buay
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Islam, Mohammad Mirazul
    Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Avdelningen för cellbiologi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Swedish Nanoscience Center, Karolinska Institute, Stockholm , Sweden .
    Mitra, Debbie
    Ottawa Hospital Research Institute, University of Ottawa Eye Institute, ON, Canada.
    Noel, Christopher
    Ottawa Hospital Research Institute, University of Ottawa Eye Institute, ON, Canada.
    Merett, Kimberley
    Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Avdelningen för cellbiologi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Ottawa Hospital Research Institute, University of Ottawa Eye Institute, ON, Canada.
    Odorcic, Silvia
    Ottawa Hospital Research Institute, University of Ottawa Eye Institute, ON, Canada.
    Fagerholm, Per
    Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Avdelningen för neurovetenskap. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Östergötlands Läns Landsting, Sinnescentrum, Ögonkliniken US/LiM.
    Jackson, William Bruce
    Ottawa Hospital Research Institute, University of Ottawa Eye Institute, ON, Canada.
    Liedberg, Bo
    Center for Biomimetic Sensor Science, Nanyang Technological University, Singapore.
    Phopase, Jaywant
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Griffith, May
    Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Avdelningen för cellbiologi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Swedish Nanoscience Center, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden.
    Epoxy Cross-Linked Collagen and Collagen-Laminin Peptide Hydrogels as Corneal Substitutes2013Ingår i: Journal of Functional Biomaterials, ISSN 2079-4983, E-ISSN 2079-4983, Vol. 4, nr 3, s. 162-177Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A bi-functional epoxy-based cross-linker, 1,4-Butanediol diglycidyl ether (BDDGE), was investigated in the fabrication of collagen based corneal substitutes. Two synthetic strategies were explored in the preparation of the cross-linked collagen scaffolds. The lysine residues of Type 1 porcine collagen were directly cross-linked using l,4-Butanediol diglycidyl ether (BDDGE) under basic conditions at pH 11. Alternatively, under conventional methodology, using both BDDGE and 1-Ethyl-3-(3-dimethyl aminopropyl) carbodiimide (EDC)/N-hydroxysuccinimide (NHS) as cross-linkers, hydrogels were fabricated under acidic conditions. In this latter strategy, Cu(BF4)2·XH2O was used to catalyze the formation of secondary amine bonds. To date, we have demonstrated that both methods of chemical cross-linking improved the elasticity and tensile strength of the collagen implants. Differential scanning calorimetry and biocompatibility studies indicate comparable, and in some cases, enhanced properties compared to that of the EDC/NHS controls. In vitro studies showed that human corneal epithelial cells and neuronal progenitor cell lines proliferated on these hydrogels. In addition, improvement of cell proliferation on the surfaces of the materials was observed when neurite promoting laminin epitope, IKVAV, and adhesion peptide, YIGSR, were incorporated. However, the elasticity decreased with peptide incorporation and will require further optimization. Nevertheless, we have shown that epoxy cross-linkers should be further explored in the fabrication of collagen-based hydrogels, as alternatives to or in conjunction with carbodiimide cross-linkers.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 117.
    Käll, Per-Olov
    et al.
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Fysikalisk Kemi.
    Ojamäe, Lars
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Fysikalisk Kemi.
    Pedersen, Henrik
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Materiefysik.
    Söderlind, Fredrik
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi.
    Petoral, Rodrigo Jr
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Uvdal, Kajsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Zhang, H.
    Zouc, X.
    Synthesis, Characterisation and Molecular Functionalisation of Gd2O3 Nanocrystals2004Ingår i: NAN:-8,2004, 2004Konferensbidrag (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

      

  • 118.
    Larsson, E.
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi. Linköpings universitet, Hälsouniversitetet.
    Brun, F.
    Sincrotrone Trieste, Italy and University of Trieste, Italy .
    Tromba, G.
    Sincrotrone Trieste, Italy.
    Cataldi, P.
    Azienda per i Servizi Sanitari n. 5 - “Bassa Friulana”, Italy.
    Uvdal, Kajsa
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Accardo, A.
    University of Trieste, Italy .
    Quantification of Structural Differences in the Human Calvarium Diploe by Means of X-ray Computed Microtomography Image Analysis: A Case Study2012Ingår i: 5th European Conference of the International Federation for Medical and Biological Engineering / [ed] Ákos Jobbágy, Springer Berlin/Heidelberg, 2012, Vol. 37, s. 599-602Konferensbidrag (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Accurate models for the human diploe have to take into account any structural differences in the four main areas of the calvaria bones. In this study the technique of X-ray computed microtomography (mu-CT) along with image analysis was used in order to visualize and quantitatively analyze differences in the micro-architecture of the human calvarium diploe. A bone specimen from each area of the skull (temporal, frontal, parietal and occipital) was extracted from a human donor and each specimen was characterized in terms of density, specific surface area, trabecular thickness and anisotropy. The obtained results reveal that in the considered case there are structural differences which therefore can be useful for refining traditional models that assume equal conditions throughout the skull.

  • 119. Beställ onlineKöp publikationen >>
    Larsson (Kaiser), Andréas
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Biochip design based on tailored ethylene glycols2007Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [sv]

    Det är intressant att studera biomolekylära interaktioner av många anledningar. För att kunna bedriva framgångsrik läkemedelsutveckling är det oerhört viktigt att känna till hur olika molekyler samverkar i människokroppen. Inom sjukvården kan biomolekyler användas som biomarkörer, då närvaro av dem eller förändringar av deras koncentrationer är kopplade till sjukdomstillstånd, och därmed hjälper läkaren att ställa rätt diagnos. Dessutom kan de mycket specifika interaktionerna mellan antikroppar och (i princip) valfri substans användas för detektion av spårämnen vid miljösaneringsarbete, gränskontroller, polisarbete, fängelser och arbete med nationell säkerhet.

    Den här avhandlingen beskriver hur polymeren polyetylenglykol (PEG) kan användas vid design av biochip. Ett biochip är en liten anordning, som kan användas för att detektera specifika molekyler med hjälp av en biologisk interaktion. Traditionellt har PEG använts inom biomaterialsektorn, men återfinns även i hygienartiklar som tvål och tandkräm. Ett annat användningsområde är konservering av bärgade träskepp och i en del litiumjonbatterier ingår PEG som en komponent. Dessutom pågår utveckling av PEG-innehållande skyddsvästar. I det här arbetet används PEG framför allt på grund av sin förmåga att minimera ospecifik inbindning av proteiner, som utgör en stor del av gruppen biomolekyler, till ytor på biochip. Två olika typer av ytbeläggningar, som innehåller den här polymeren, har använts. Den första typen ger mycket tunna (~0.000003 mm), tvådimensionella filmer medan den andra ger en något tjockare (~0.00005 mm), tredimensionell struktur (matris). De tvådimensionella filmerna har använts för att utveckla en sprängämnesdetektor med mycket hög känslighet (detektionsgräns mellan 1-10 ppb). En viktig beståndsdel i detta system är antikroppar riktade mot sprängämnet trinitrotoluen (TNT). Den tredimensionella matrisen är mer generell och kan användas för att studera många olika molekylära interaktioner. Tillverkningsmetoden av matrisen är baserad på belysning med ultraviolett ljus och är därmed lämpad för att skapa mönstrade ytor. Genom att blockera delar av ljusflödet begränsas tillväxten av matrisen till de belysta delarna. På så sätt har bland annat så kallade mikro-arrayer, bestående av mikrometerstora (tusendels millimeter) strukturer i ett regelbundet mönster, tillverkats. Tekniken tillåter även tillverkning av gradienter, där matrisens tjocklek varierar längs med provet, genom att belysa olika delar av provytan olika länge. Genom att undersöka dessa gradienter har information om matrisens genomsläpplighet för proteiner kunnat extraheras. Gradientkonceptet har även kombinerats med mikro-arraytillverkningen och gett möjlighet att studera interaktioner mellan flera olika modellproteiner och deras motsvarande antikroppar i olika tjocka matriser på en och samma yta.

    Det finns ett stort antal sätt att utnyttja interaktionerna mellan olika molekyler på ett biochip. Ett tilltalande tillvägagångssätt är exempelvis att i en mikro-array binda in olika molekyler som kan fånga kliniskt intressanta biomolekyler, i syfte att skapa en hälsoprofil. Ett sådant biochip skulle ge möjlighet att parallellt detektera eller bestämma koncentrationen av ett stort antal biomolekyler i till exempel en droppe blod. På så sätt kan en diagnos snabbt ställas, kanske till och med utan att patienten behöver uppsöka sjukvården. Den utvecklade PEG-matrisen har god potential att fungera i en sådan applikation.

    Delarbeten
    1. A novel biochip technology for detection of explosives - TNT: Synthesis, characterisation and application
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A novel biochip technology for detection of explosives - TNT: Synthesis, characterisation and application
    Visa övriga...
    2006 (Engelska)Ingår i: Sensors and Actuators B: Chemical, ISSN 0925-4005, Vol. 113, nr 2, s. 730-748Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    This contribution describes the synthesis, characterisation and evaluation of a novel biochip technology for the detection of the explosive substance 2,4,6-trinitrotoluene (TNT). Two types of thiols are self-assembled to produce the biochip on gold, namely oligo(ethylene glycol) (OEG)-alkyl thiols terminated with a hydroxyl group and a TNT-analogue (2,4-dinitrobenzene), respectively. Three different TNT-analogues are mixed in various proportions with hydroxyl-terminated OEG-thiols to obtain highly selective and sensitive biochips with a low non-specific binding. The produced self-assembled monolayers (SAMs) are thoroughly characterised with null ellipsometry, contact angle goniometry, infrared reflection absorption spectroscopy (IRAS) and X-ray photoelectron spectroscopy (XPS) and they all meet high standards in terms of molecular conformation, packing and orientation. The biochip is designed to function as a platform for a competitive label-free immunoassay and two real-time transducers – surface plasmon resonance (SPR) and quartz crystal microbalance (QCM) – are used to monitor the dissociation of on-line immobilised monoclonal antibodies produced against TNT. The three TNT-analogues are all potential candidates for the development of a functional biochip, though one of them displayed superior properties in terms of shorter recovery/stabilisation time after antibody immobilisation and a better response/loading capacity ratio. This is particularly evident when using low antigen (TNT-analogue) content in the mixed SAM.

    Nyckelord
    Explosives; Competitive immunoassay; Self-assembled monolayers; Quartz crystal microbalance; Surface plasmon resonance
    Nationell ämneskategori
    Teknik och teknologier
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-14605 (URN)10.1016/j.snb.2005.07.025 (DOI)
    Tillgänglig från: 2007-10-12 Skapad: 2007-10-12 Senast uppdaterad: 2015-10-13
    2. Photografted poly(ethylene glycol) matrix for affinity interaction studies
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Photografted poly(ethylene glycol) matrix for affinity interaction studies
    2007 (Engelska)Ingår i: Biomacromolecules, ISSN 1525-7797, E-ISSN 1526-4602, Vol. 8, nr 1, s. 287-295Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    A poly(ethylene glycol) (PEG)-based matrix for studies of affinity interactions is developed and demonstrated. The PEG matrix, less than 0.1 μm thick, is graft copolymerized onto a cycloolefin polymer from a mixture of PEG methacrylates using a free radical reaction initiated by UV light at 254 nm. The grafting process is monitored in real time, and characteristics such as thickness, homogeneity, relative composition, photostability, and performance in terms of protein resistance in complex biofluids and sensor qualities are investigated with null ellipsometry, infrared spectroscopy, and surface plasmon resonance. The matrix is subsequently modified to contain carboxyl groups, thereby making it possible to immobilize ligands in a controlled and functional manner. Human serum albumin and fibrinogen are immobilized and successfully detected by antibody recognition using surface plasmon resonance. The results are encouraging and suggest that the PEG matrix is suitable for biochip and biosensor applications in demanding biofluids.

    Nationell ämneskategori
    Naturvetenskap
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-14606 (URN)10.1021/bm060685g (DOI)
    Tillgänglig från: 2007-10-12 Skapad: 2007-10-12 Senast uppdaterad: 2017-12-13
    3. Poly(ethylene glycol) gradient for biochip development
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Poly(ethylene glycol) gradient for biochip development
    2007 (Engelska)Ingår i: Langmuir, ISSN 0743-7463, E-ISSN 1520-5827, Vol. 23, nr 22, s. 11319-11325Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    A novel method of producing a poly(ethylene glycol) (PEG)-based gradient matrix that varies gradually in thickness from 0 to 500 Å over a distance of 5−20 mm is presented. The gradient matrix is graft copolymerized from a mixture of PEG methacrylates onto organic thin films providing free radical polymerization sites initiated by UV irradiation at 254 nm. The films used as grafting platforms consist of either a spin-coated cycloolefin polymer or a self-assembled monolayer on planar gold. The thickness/irradiation gradient is realized by means of a moving shutter that slowly uncovers the modified gold substrate. The structural and functional characteristics of the gradient matrix are investigated with respect to thickness profile, degree of carboxylation, and subsequent immobilization of two model proteins of different sizes and shapes. These characteristics are studied with ellipsometry and infrared reflection−absorption microscopy using a grazing angle objective. It is revealed that the relatively small carboxylation agent used offers homogeneous activation throughout the gradient, even in the thick areas, whereas the diffusion/interpenetration and subsequent immobilization of large proteins is partially hindered. This is crucial information in biosensor design that can be easily obtained from a gradient experiment on a single sample. Moreover, the partially hindered protein interpenetration, the marginal swelling upon hydration, and the unspecific nature of the graft polymerization suggest a matrix growth mechanism that favors the formation of a bushlike polymer structure with a certain degree of cross linking.

    Nationell ämneskategori
    Naturvetenskap
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-14607 (URN)10.1021/la700729q (DOI)
    Tillgänglig från: 2007-10-12 Skapad: 2007-10-12 Senast uppdaterad: 2017-12-13
    4. UV-patterned poly(ethylene glycol) matrix for microarray applications
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>UV-patterned poly(ethylene glycol) matrix for microarray applications
    2007 (Engelska)Ingår i: Biomacromolecules, ISSN 1525-7797, E-ISSN 1526-4602, Vol. 8, nr 11, s. 3511-3518Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    A versatile method to fabricate polymeric matrixes for microarray applications is demonstrated. Several different design strategies are presented where a variety of organic films, such as plastic polymers and self-assembled monolayers (SAMs) on planar silica and gold substrates, act as supports for the graft polymerization procedure. An ensemble of poly(ethylene glycol) methacrylate monomers are combined to obtain a matrix with desired properties:  low nonspecific binding and easily accessible groups for postimmobilization of ligands. The free radical graft polymerization process occurs under irradiation with UV light in the 254−266 nm range, which offers the possibility to introduce patterns by means of a photomask. The arrays are created on inert and homogeneous coatings prepared either by graft polymerization of a methoxy-terminated PEG−methacrylate or self-assembly of a methoxy-terminated oligo(ethylene glycol) thiol. Carboxylic acid groups, introduced in the array spots either during graft polymerization or upon wet chemical conversion of hydroxyls, grant the capability to immobilize proteins and other molecules via free amine groups. Immobilization of fluorescent species as well as biotin followed by exposure to a fluorescently labeled antibody directed toward biotin display both excellent integrity of the spots and low nonspecific binding to the surrounding framework. Beside patterns of uniform height and size, an array of spots with varying thickness (a sort of gradient) is demonstrated. Such gradient samples enable us to address critical issues regarding the mechanism(s) behind spatially resolved free radical polymerization of methacrylates. It also offers a convenient route to optimize the matrix properties with respect to thickness, loading capacity, protein diffusion/penetration, and nonspecific binding.

    Nationell ämneskategori
    Naturvetenskap
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-14608 (URN)10.1021/bm700707s (DOI)
    Tillgänglig från: 2007-10-12 Skapad: 2007-10-12 Senast uppdaterad: 2017-12-13
    5. A hydrogel chip for biosensing studied by imaging surface plasmon resonance
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A hydrogel chip for biosensing studied by imaging surface plasmon resonance
    Manuskript (Övrigt vetenskapligt)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:liu:diva-14609 (URN)
    Tillgänglig från: 2007-10-12 Skapad: 2007-10-12 Senast uppdaterad: 2010-01-13
    Ladda ner fulltext (pdf)
    FULLTEXT01
    Ladda ner (pdf)
    COVER01
  • 120.
    Larsson (Kaiser), Andréas
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Angbrant, Johan
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Ekeroth, Johan
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Månsson, Per
    Biosensor Applications Sweden AB, Sundbyberg, Sweden.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    A novel biochip technology for detection of explosives - TNT: Synthesis, characterisation and application2006Ingår i: Sensors and Actuators B: Chemical, ISSN 0925-4005, Vol. 113, nr 2, s. 730-748Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    This contribution describes the synthesis, characterisation and evaluation of a novel biochip technology for the detection of the explosive substance 2,4,6-trinitrotoluene (TNT). Two types of thiols are self-assembled to produce the biochip on gold, namely oligo(ethylene glycol) (OEG)-alkyl thiols terminated with a hydroxyl group and a TNT-analogue (2,4-dinitrobenzene), respectively. Three different TNT-analogues are mixed in various proportions with hydroxyl-terminated OEG-thiols to obtain highly selective and sensitive biochips with a low non-specific binding. The produced self-assembled monolayers (SAMs) are thoroughly characterised with null ellipsometry, contact angle goniometry, infrared reflection absorption spectroscopy (IRAS) and X-ray photoelectron spectroscopy (XPS) and they all meet high standards in terms of molecular conformation, packing and orientation. The biochip is designed to function as a platform for a competitive label-free immunoassay and two real-time transducers – surface plasmon resonance (SPR) and quartz crystal microbalance (QCM) – are used to monitor the dissociation of on-line immobilised monoclonal antibodies produced against TNT. The three TNT-analogues are all potential candidates for the development of a functional biochip, though one of them displayed superior properties in terms of shorter recovery/stabilisation time after antibody immobilisation and a better response/loading capacity ratio. This is particularly evident when using low antigen (TNT-analogue) content in the mixed SAM.

  • 121.
    Larsson (Kaiser), Andréas
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Du, Chun-Xia
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    UV-patterned poly(ethylene glycol) matrix for microarray applications2007Ingår i: Biomacromolecules, ISSN 1525-7797, E-ISSN 1526-4602, Vol. 8, nr 11, s. 3511-3518Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A versatile method to fabricate polymeric matrixes for microarray applications is demonstrated. Several different design strategies are presented where a variety of organic films, such as plastic polymers and self-assembled monolayers (SAMs) on planar silica and gold substrates, act as supports for the graft polymerization procedure. An ensemble of poly(ethylene glycol) methacrylate monomers are combined to obtain a matrix with desired properties:  low nonspecific binding and easily accessible groups for postimmobilization of ligands. The free radical graft polymerization process occurs under irradiation with UV light in the 254−266 nm range, which offers the possibility to introduce patterns by means of a photomask. The arrays are created on inert and homogeneous coatings prepared either by graft polymerization of a methoxy-terminated PEG−methacrylate or self-assembly of a methoxy-terminated oligo(ethylene glycol) thiol. Carboxylic acid groups, introduced in the array spots either during graft polymerization or upon wet chemical conversion of hydroxyls, grant the capability to immobilize proteins and other molecules via free amine groups. Immobilization of fluorescent species as well as biotin followed by exposure to a fluorescently labeled antibody directed toward biotin display both excellent integrity of the spots and low nonspecific binding to the surrounding framework. Beside patterns of uniform height and size, an array of spots with varying thickness (a sort of gradient) is demonstrated. Such gradient samples enable us to address critical issues regarding the mechanism(s) behind spatially resolved free radical polymerization of methacrylates. It also offers a convenient route to optimize the matrix properties with respect to thickness, loading capacity, protein diffusion/penetration, and nonspecific binding.

  • 122.
    Larsson (Kaiser), Andréas
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Ekblad, Tobias
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Andersson, Olof
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Photografted poly(ethylene glycol) matrix for affinity interaction studies2007Ingår i: Biomacromolecules, ISSN 1525-7797, E-ISSN 1526-4602, Vol. 8, nr 1, s. 287-295Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A poly(ethylene glycol) (PEG)-based matrix for studies of affinity interactions is developed and demonstrated. The PEG matrix, less than 0.1 μm thick, is graft copolymerized onto a cycloolefin polymer from a mixture of PEG methacrylates using a free radical reaction initiated by UV light at 254 nm. The grafting process is monitored in real time, and characteristics such as thickness, homogeneity, relative composition, photostability, and performance in terms of protein resistance in complex biofluids and sensor qualities are investigated with null ellipsometry, infrared spectroscopy, and surface plasmon resonance. The matrix is subsequently modified to contain carboxyl groups, thereby making it possible to immobilize ligands in a controlled and functional manner. Human serum albumin and fibrinogen are immobilized and successfully detected by antibody recognition using surface plasmon resonance. The results are encouraging and suggest that the PEG matrix is suitable for biochip and biosensor applications in demanding biofluids.

  • 123.
    Larsson (Kaiser), Andréas
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Poly(ethylene glycol) gradient for biochip development2007Ingår i: Langmuir, ISSN 0743-7463, E-ISSN 1520-5827, Vol. 23, nr 22, s. 11319-11325Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A novel method of producing a poly(ethylene glycol) (PEG)-based gradient matrix that varies gradually in thickness from 0 to 500 Å over a distance of 5−20 mm is presented. The gradient matrix is graft copolymerized from a mixture of PEG methacrylates onto organic thin films providing free radical polymerization sites initiated by UV irradiation at 254 nm. The films used as grafting platforms consist of either a spin-coated cycloolefin polymer or a self-assembled monolayer on planar gold. The thickness/irradiation gradient is realized by means of a moving shutter that slowly uncovers the modified gold substrate. The structural and functional characteristics of the gradient matrix are investigated with respect to thickness profile, degree of carboxylation, and subsequent immobilization of two model proteins of different sizes and shapes. These characteristics are studied with ellipsometry and infrared reflection−absorption microscopy using a grazing angle objective. It is revealed that the relatively small carboxylation agent used offers homogeneous activation throughout the gradient, even in the thick areas, whereas the diffusion/interpenetration and subsequent immobilization of large proteins is partially hindered. This is crucial information in biosensor design that can be easily obtained from a gradient experiment on a single sample. Moreover, the partially hindered protein interpenetration, the marginal swelling upon hydration, and the unspecific nature of the graft polymerization suggest a matrix growth mechanism that favors the formation of a bushlike polymer structure with a certain degree of cross linking.

  • 124.
    Lee, Hung-Hsun
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Gavutis, Martynas
    Department of Nanoengineering, Center for Physical Sciences and Technology, Savanorių 231, LT-02300 Vilnius, Lithuania.
    Ruželė, Živilė
    Department of Nanoengineering, Center for Physical Sciences and Technology, Savanorių 231, LT-02300 Vilnius, Lithuania.
    Valiokas, Ramūnas
    Department of Nanoengineering, Center for Physical Sciences and Technology, Savanorių 231, LT-02300 Vilnius, Lithuania.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Mixed Self-Assembled Monolayers with Deuterated Terminal Anchors for Tethered Lipid Membrane FormationManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    The aim of this study was to develop a stable and flexible self-assembled monolayer (SAM) for tethered lipid bilayer membrane (tBLM) formation that in the future might be employed for mimetics of more complex cell membrane architectures. Our model SAM surface conisted of a mixture of a filling molecule,  HS(CH2)15CONHCH2CH2OH, and an anchor molecule, HS(CH2)15CONH(CH2CH2O)6CH2CONH-X, where X is either –(CD2)7CD3 or – (CD2)15CD3. We have prepared and characterized their structure and chemical composition as well as the adsorption of lipids on the SAM by means of ellipsometry, contact angle goniometry, and infrared reflection-absorption spectrometry (IRRAS). The use of deuterated terminal alkyl chains enabled us to establish a correlation between the relative surface density of the anchors and the properties of the lipid bilayers formed via small unilamellar vesicle (SUV) fusion. Further on, we monitored SUV fusion kinetics on the mixed SAM  surface using quartz crystal microbalance with dissipative monitoring (QCM-D). The QCM-D analysis revealed that a critical vesicle concentration has to be reached on the SAM for vesicle rupture and bilayer formation.

  • 125.
    Lee, Hung-Hsun
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Molekylär fysik. Linköpings universitet, Tekniska fakulteten.
    Ruzele, Zivile
    Institute Phys, Department Funct Nanomat, LT-02300 Vilnius, Lithuania .
    Malysheva, Lyuba
    Bogolyubov Institute Theoret Phys, UA-03143 Kiev, Ukraine .
    Onipko, Alexander
    Bogolyubov Institute Theoret Phys, UA-03143 Kiev, Ukraine .
    Gutes, Albert
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Björefors, Fredrik
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Valiokas, Ramunas
    Institute Phys, Department Funct Nanomat, LT-02300 Vilnius, Lithuania .
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Long-Chain Alkylthiol Assemblies Containing Buried In-Plane Stabilizing Architectures2009Ingår i: Langmuir, ISSN 0743-7463, E-ISSN 1520-5827, Vol. 25, nr 24, s. 13959-13971Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A series of alkylthiol compounds were synthesized to study the formation and structure of complex self-assembled monolayers (SAMs) consisting of interchanging structural modules stabilized by intermolecular hydrogen bonds. The chemical structure of the synthesized compounds, HS(CH2)(15)CONH(CH2CH2O)(6)CH2CONH-X, where X refers to the extended chains of either -(CH2)(n)CH3 or -(CD2)(n)CD3, with n = 0, 1, 7, 8, 15, was confirmed by NMR and elemental analysis. The formation of highly ordered, methyl-terminated SAMs oil gold from diluted ethanolic solutions of these compounds was revealed using contact angle goniometry, mill ellipsometry, cyclic voltammetry, and infrared reflection absorption spectroscopy. The experimental work was complemented with extensive DFT modeling of infrared spectra and molecular orientation. New assignments were introduced for both nondeuterated and deuterated Compounds. The latter set of compounds also served as a convenient tool to resolve the packing, conformation, and orientation of the buried and extended modules within the SAM. Thus, it was shown that the lower alkyl portion together with the hexa(ethylene glycol) portion is stabilized by the two layers of lateral hydrogen bonding networks between the amide groups, and they provide it Structurally robust support for the extended alkyls, The presented system can be considered to be an extension of the well-known alkyl SAM platform, enabling precise engineering of nanoscopic architectures oil the length scale from a Few to similar to 60 angstrom for applications such as cell membrane mimetics, molecular nanolithography, and so forth.

  • 126.
    Li, Fenghong
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Ytors Fysik och Kemi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Zhou, Yi
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Zhang, Fengling
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Biomolekylär och Organisk Elektronik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Liu, Xianjie
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Ytors Fysik och Kemi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Zhan, Yiqiang
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Ytors Fysik och Kemi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Fahlman, Mats
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Ytors Fysik och Kemi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Tuning Work Function of Noble Metals As Promising Cathodes in Organic Electronic Devices2009Ingår i: CHEMISTRY OF MATERIALS, ISSN 0897-4756, Vol. 21, nr 13, s. 2798-2802Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Work function (WF) modification of metal electrodes by adsorbing electron-rich or electron-deficient molecules oil metal surfaces has become a field of significant interest. The barrier for charge carrier injection in organic semiconductor devices can be reduced by molecular adsorption, leading to all interfacial dipole. Here, we demonstrate that the WF of noble metals such as ALL call be decreased significantly by adsorbing air stable n-type dopant acridine orange base (AOB) thin film. When a (sub)monolayer AOB is deposited on sputter-cleaned Au, the WF of the substrate changes from 5.2 to 3.5 eV. At complete coverage of the Au Surface, the WF is further reduced to 3.3 eV. When a (sub) monolayer of AOB is inserted between Au and C-60 thin film, the barrier of electron injection is decreased by 0.4 +/- 0.1 eV as compared to an Au-C-60 interface without AOB. Polymer solar cells with AOB/Au as a cathode have a similar open circuit voltage and comparable power conversion efficiency with devices using LiF/Al as a cathode, demonstrating that the AOB-modified gold electrode is an efficient low-work-function contact. Given the low positive pinning energy of 3.3 eV for AOB, we expect that other conventional high-work-function materials (Ag, ITO. La0.7Sr0.3MnO3 and even PEDOT:PSS) can be modified by AOB as effectively as Au.

  • 127.
    Li, Wei
    et al.
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa.
    Östblom, Mattias
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Xu, Lihua
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Experimentell patologi.
    Hellsten, A.
    Leanderson, Per
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin, Yrkes- och miljömedicin. Östergötlands Läns Landsting, Medicincentrum, Smärt- och rehabiliteringscentrum.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Brunk, Ulf
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för medicin och hälsa, Farmakologi.
    Eaton, J.W.
    James Graham Brown Cancer Center, University of Louisville, Louisville, KY, United States.
    Yuan, Ximing
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för klinisk och experimentell medicin.
    Cytocidal effects of atheromatous plaque components: The death zone revisited2006Ingår i: The FASEB Journal, ISSN 0892-6638, E-ISSN 1530-6860, Vol. 20, nr 13, s. 2281-2290Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Objective: Earlier we suggested that atheroma lesions constitute a "death zone" containing toxic materials that may cause dysfunction and demise of invading macrophages to prevent the removal of plaque materials. Here we have assessed the cytotoxic effects of nonfractionated gruel and insoluble (ceroid-like) material derived from advanced human atheroma. Methods and Results: The insoluble material within advanced atherosclerotic plaque was isolated following protease K digestion and extensive extraction with aqueous and organic solvents. FTIR, Raman, and atomic absorption spectroscopy suggested that, despite its fluorescent nature, this material closely resembled hydroxyapatite and dentin, but also contained a significant amount of iron and calcium. When added to J774 cells and human macrophages in culture, this insoluble substance was phagocytosed, and progressive cell death followed. However, an even more cytotoxic activity was found in the atheromatous "gruel" that contains abundant carbonyls/aldehydes. Cell death caused by both crude gruel and ceroid could be blocked by preincubating cells with the lipophilic iron chelator salicylaldehyde isonicotinoyl hydrazone, apoferritin, BAPTA/AM, or sodium borohydride, indicating that cellular iron, calcium, and reactive aldehyde(s) are responsible for the observed cytotoxicity. Conclusions: Toxic materials within atheromatous lesions include both ceroid and even more cytotoxic lipidaceous materials. The cytotoxic effects of these plaque components may help explain the persistence of atherosclerotic lesions. © FASEB.

  • 128.
    Li, Wei
    et al.
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för nervsystem och rörelseorgan, Patologi.
    Östblom, Mattias
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Xu, Lihua
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för nervsystem och rörelseorgan, Patologi.
    Hellsten, Anna
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för biomedicin och kirurgi.
    Leanderson, Per
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för molekylär och klinisk medicin, Yrkes- och miljömedicin. Östergötlands Läns Landsting, Smärt- och yrkesmedicinskt centrum, Yrkes- och miljömedicinskt centrum.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Brunk, Ulf
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för medicin och vård, Farmakologi.
    Eaton, John Wallace
    USA .
    Yuan, Xi Ming
    Linköpings universitet, Hälsouniversitetet. Linköpings universitet, Institutionen för nervsystem och rörelseorgan, Patologi.
    Cytocidal effects of atheromatous plaque components: the death zone revisited.2006Ingår i: The FASEB Journal, ISSN 0892-6638, E-ISSN 1530-6860, Vol. 20, s. 2281-2290Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

       

  • 129.
    Liedberg , Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    EDITORIAL FOR BIOINTERPHASES IN FOCUS: SURFACE PLASMON RESONANCE-PLASMONICS PREFACE2008Ingår i: BIOINTERPHASES, ISSN 1559-4106 , Vol. 3, nr 3, s. FD1-FD2Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 130.
    Liedberg, Bo
    et al.
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Larsson (Kaiser), Andréas
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Ekblad, Tobias
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Andersson, Olof
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Photografted PEG matrix for biosensor applications2006Ingår i: Proceedings of the 9th Biosensors Congress,2006, Columbus: American Chemical Society , 2006Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 131.
    Liedberg, Bo
    et al.
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Malysheva, Lyuba
    Bogolyubov Institute for Theoretical Physics Kiev, Ukraine.
    Onipko, Alexander
    Division of Physics Luleå University of Technology, Luleå.
    Valiokas, Ramunas
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Molecular Orientation in Helical and All-Trans Oligo(ethylene glycol)-Terminated Assemblies on Gold: Results of ab Initio Modeling2005Ingår i: Journal of Physical Chemistry B, ISSN 1520-6106, E-ISSN 1520-5207, Vol. 109, nr 34, s. 7788-7796Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The structural properties of self-assembled monolayers (SAMs) of oligo(ethylene glycol) (OEG)-terminated and amide-containing alkanethiols (HS(CH2)15CONH(CH2CH2O) 6H and related molecules with shorter alkyl or OEG portions) on gold are addressed. Optimized geometry of the molecular constituents, characteristic vibration frequencies, and transition dipole moments are obtained using density-functional theory methods with gradient corrections. These data are used to simulate IR reflection-absorption (RA) spectra associated with different OEG conformations. It is shown that the positions and relative intensities of all characteristic peaks in the fingerprint region are accurately reproduced by the model spectra within a narrow range of the tilt and rotation angles of the alkyl plane, which turns out to be nearly the same for the helical and all-trans OEG conformations. In contrast, the tilt of the OEG axis changes considerably under conformational transition from helical to all-trans OEG. By means of ab initio modeling, we also clarify other details of the molecular structure and orientation, including lateral hydrogen bonding, the latter of which is readily possessed by the SAMs in focus. These results are crucial for understanding phase and folding characteristics of OEG SAMs and other complex molecular assemblies. They are also expected to contribute to an improved understanding of the interaction with water, ions, and ultimately biological macromolecules.

  • 132.
    Liedberg, Bo
    et al.
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Tinazli, Ali
    Institute of Biochemistry Biocenter Johann Wolfgang Goethe-University Frankfurt Germany.
    Tang, Jilin
    Institute of Bichemistry Biocenter Johann Wolfgang Goethe-University Frankfurt Germanu.
    Valiokas, Ramunas
    Institute of Biochemsityr Bioocenter Johann Wolfgang Goethe-Univesity Frankfurt Germany.
    Picuric, Srdjan
    Institute of Biochemistry Biocenter Johann Wolfgang Goethe-University Frankfurt Germany.
    Lata, Suman
    Institute of Biochemistry Biocenter Johann Wolfgang Goethe-Univeristy Frankfurt Germany.
    Piehler, Jacob
    Institute of Biochemistry Biocenter Johann Wolfgang Goethe-University Frankfurt Germany.
    Tampé, Robert
    Institute of Biochemsitry Biocenter Johann Wolfgang Goethe-University Frankfurt Germany.
    High-Affínity Chelator Thiols for Switchable and oriented Immobilization of Histidine-Tagged Proteins: A Generic Platform for Protein Chip Technologies2005Ingår i: Chemistry : a European journal, ISSN 0947-6539, Vol. 11, s. 5249-5259Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

       

  • 133.
    Lindell, Linda
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Ytors Fysik och Kemi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Vahlberg, Cecilia
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Braun, Slawomir
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Ytors Fysik och Kemi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Uvdal, Kajsa
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Fahlman, Mats
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Ytors Fysik och Kemi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Self assembled monolayer engineered interfaces for determination of charge transfer and charge separated statesManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Most interfaces in organic electronics consists of weakly interacting organic/(in)organic material interfaces where the interaction is limited to charge transfer via tunnelling. In order to optimize device structure and performance, it is of great importance to understand the rules that govern the energy level alignment at those interfaces. The integer charge transfer (ICT) model is a model used to explain and predict the interaction and energy level alignment behaviour from the so-called integer charge transfer energy, EICT values. In this paper we investigate two phenomena that could influence the absolute value of EICT at hybrid organic and organic-organic interfaces and provide experimentally-derived quantitative data on the strength of the effects.

  • 134.
    Lindell, Linda
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Ytors Fysik och Kemi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Vahlberg, Cecilia
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Uvdal, Kajsa
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Molekylär ytfysik och nanovetenskap. Linköpings universitet, Tekniska fakulteten.
    Fahlman, Mats
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Ytors Fysik och Kemi. Linköpings universitet, Tekniska fakulteten.
    Braun, Slawomir
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Ytors Fysik och Kemi. Linköpings universitet, Tekniska fakulteten.
    Self-assembled monolayer engineered interfaces: Energy level alignment tuning through chain length and end-group polarity2015Ingår i: Journal of Electron Spectroscopy and Related Phenomena, ISSN 0368-2048, E-ISSN 1873-2526, Vol. 204, s. 140-144Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    We explore the different mechanisms through which self-assembled monolayers can tailor energy level alignment at metal-organic semiconductor interfaces. We show that the large work function variation that can be induced by the self-assembled monolayer on gold has limited ability to tailor the interface energy level alignment of a subsequent organic semiconductor overlayer. (C) 2015 Elsevier B.V. All rights reserved.

  • 135.
    Lloyd Spetz, Anita
    et al.
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Skoglundh, Magnus
    Applied Surface Chemistry, Chalmers University, Sweden.
    Ojamäe, Lars
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Fysikalisk Kemi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    FET sensors gas sensing mechanism, experimental and theoretical studies2009Ingår i: Solid State Gas Sensing: Fundamentals and new trends in gas sensing, US: Springer , 2009, XV, s. 153-(27pp)Kapitel i bok, del av antologi (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    The chemical gas sensor area has gained large improvements from the

    nanoscience technology, e.g., more reproducible processing including control

    on the nanoscale of annealing procedures, which implies improved long-term

    stability. Analytical tools have developed towards detection and investigation

    of ever smaller size phenomena. This has been of importance for the key

    problem of chemical gas sensors, the detailed understanding on the nanoscale

    level of the gas-sensing mechanism. In this chapter, which deals with FET (field

    effect transistor) gas sensor devices, we will review analytical tools that provide

    information about the detection mechanism with special emphasise on the FET

    sensor area. The DRIFT, diffuse reflection infrared Fourier transform, spectroscopy

    as a rather new and very important tool is reviewed. Theoretical modelling

    will speed up the process to provide further details in the mechanistic

    studies. Examples will be given in this chapter. A number of other important

    analytical tools will be briefly described.

  • 136.
    Lloyd-Spets, Anita
    et al.
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Tillämpad Fysik.
    Nakagomi, S.
    School of Science and Engineering, Ishinomaki Senshu University, Ishinomaki, Miyagi, Japan.
    Wingbrant, Helena
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Tillämpad Fysik.
    Andersson, Mike
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Tillämpad Fysik.
    Salomonsson, Anette
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Tillämpad Fysik.
    Roy, S.
    Wingqvist, G.
    Ångström Laboratory, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Katardjiev, I.
    Ångström Laboratory, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
    Eickhoff, M.
    Walter Schottky Institut, Technishce Universität München, Am. Coulombwall, Garching, Germany.
    Uvdal, Kajsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Yakimova, Rositsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Materiefysik.
    New materials for chemical and biosensors2006Ingår i: Materials and Manufacturing Processes, ISSN 1042-6914, E-ISSN 1532-2475, Vol. 21, nr 3, s. 253-256Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Wide band gap materials such as SiC, AlN, GaN, ZnO, and diamond have excellent properties such as high operation temperature when used as field effect devices and a high resonating frequency of the substrate materials used in piezoelectric resonator devices. Integration of FET and resonating sensors on the same chip enables powerful miniaturized devices, which can deliver increased information about a gas mixture or complex liquid. Examples of sensor devices based on different wide band gap materials will be given.

  • 137.
    Lloyd-Spets, Anita
    et al.
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Tillämpad Fysik.
    Petoral, Rodrigo Jr
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Steinhoff, G.
    Yazdi, Gholam Reza
    IFM .
    Khranovsky, V.
    Preparation and characterization of organic/inorganic structures based on ZnO2006Ingår i: 4th Int. workshop on ZnO and related materials,2006, 2006Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 138.
    Lloyd-Spets, Anita
    et al.
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Tillämpad Fysik.
    Petoral, Rodrigo Jr
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Uvdal, Kajsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Vahlberg, Cecilia
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Yakimova, Rositsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Materiefysik.
    Steinhoff, G.
    Baur, B.
    Wassner, T.
    Eickhoff, M.
    Chemical functionalization of GaN and ZnO surfaces2006Ingår i: Proc. IMCS11,2006, 2006Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 139.
    Lloyd-Spets, Anita
    et al.
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Tillämpad Fysik.
    Petoral, Rodrigo Jr
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Vahlberg, Cecilia
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Uvdal, Kajsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Yakimova, R.
    Steinhoff, G.
    Khranovskyy, V.
    Yazdi, G.R.
    Syväjärvi, M.
    Eickhoff, M.
    New material concepts and device architecture of transducers for chemical and bio-sensors2006Ingår i: E-MRS meeting,2006, 2006Konferensbidrag (Refereegranskat)
    Abstract [en]

         

  • 140.
    Lloyd-Spets, Anita
    et al.
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Tillämpad Fysik.
    Petoral, Rodrigo Jr
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Yazdi, Gholam Reza
    IFM .
    Vahlberg, Cecilia
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Syväjärvi, Mikael
    IFM .
    Uvdal, Kajsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Yakimova, Rositsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Materiefysik.
    Surface functioanlization of SiC for biosensor applications2006Ingår i: Proc. ECSCRM 2006,2006, 2006Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 141.
    Lloyd-Spets, Anita
    et al.
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Tillämpad Fysik.
    Steinhoff, Georg
    Petoral, Rodrigo Jr
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Uvdal, Kajsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Eickhoff, Martin
    Yakimova, Rositsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Materiefysik.
    New Materials for Multifunctional Chemical- and Biosensors2006Ingår i: MST06 Chemically Active Ceramic Nano-Particles and Nano-Structures,2006, 2006Konferensbidrag (Refereegranskat)
    Abstract [en]

      

  • 142.
    Lloyd-Spets, Anita
    et al.
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Tillämpad Fysik.
    Uvdal, Kajsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Eickhoff, Martin
    Walter Schottky Inst. München Univresity.
    Katardjiev, Ilia
    Uppsala universitet.
    Yakimova, Rositsa
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Materiefysik.
    Wide band-gap materials for chemical and biosensors2005Ingår i: International Symposium for Advanced Sensor Technologies,2005, 2005, s. 25-30Konferensbidrag (Refereegranskat)
  • 143.
    Lundgren, Anders
    et al.
    University of Gothenburg, Sweden .
    Hulander, Mats
    University of Gothenburg, Sweden .
    Brorsson, Joakim
    University of Gothenburg, Sweden .
    Hermansson, Malte
    University of Gothenburg, Sweden .
    Elwing, Hans
    University of Gothenburg, Sweden .
    Andersson, Olof
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Berglin, Mattias
    University of Gothenburg, Sweden SP Technical Research Institute Sweden, Sweden .
    Gold-Nanoparticle-Assisted Self-Assembly of Chemical Gradients with Tunable Sub-50 nm Molecular Domains2014Ingår i: Particle & particle systems characterization, ISSN 0934-0866, E-ISSN 1521-4117, Vol. 31, nr 2, s. 209-218Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    A simple and efficient principle for nanopatterning with wide applicability in the sub-50 nanometer regime is chemisorption of nanoparticles; at homogeneous substrates, particles carrying surface charge may spontaneously self-organize due to the electrostatic repulsion between adjacent particles. Guided by this principle, a method is presented to design, self-assemble, and chemically functionalize gradient nanopatterns where the size of molecular domains can be tuned to match the level corresponding to single protein binding events. To modulate the binding of negatively charged gold nanoparticles both locally (less than100 nm) and globally (greater than100 m) onto a single modified gold substrate, ion diffusion is used to achieve spatial control of the particles mutual electrostatic interactions. By subsequent tailoring of different molecules to surface-immobilized particles and the void areas surrounding them, nanopatterns are obtained with variable chemical domains along the gradient surface. Fimbriated Escherichia coli bacteria are bound to gradient nanopatterns with similar molecular composition and macroscopic contact angle, but different sizes of nanoscopic presentation of adhesive (hydrophobic) and repellent poly(ethylene) glycol (PEG) domains. It is shown that small hydrophobic domains, similar in size to the diameter of the bacterial fimbriae, supported firmly attached bacteria resembling catch-bond binding, whereas a high number of loosely adhered bacteria are observed on larger hydrophobic domains.

  • 144.
    Lundgren, Anders O
    et al.
    University of Gothenburg.
    Björefors, Fredrik
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Olofsson, Linda G M
    University of Gothenburg.
    Elwing , Hans
    University of Gothenburg.
    Self-Arrangement Among Charge-Stabilized Gold Nanoparticles on a Dithiothreitol Reactivated Octanedithiol Monolayer2008Ingår i: Nano letters (Print), ISSN 1530-6984, E-ISSN 1530-6992, Vol. 8, nr 11, s. 3989-3992Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Gold surfaces and structures modified with octanedithiol were reacted with dithiothreitol prior to immersion in buffered solutions of charge stabilized gold nanoparticles. The procedure gives a dithiol layer with adequate properties for a homogeneous octanedithiol monolayer and uniform and reproducible gold nanoparticle binding. The distance between the adsorbing particles is controlled by the particle electrostatic interactions and can be carefully tuned by variation of ionic strength. To some extent, long-range ordering occurs among the adsorbed particles. This behavior is facilitated by the particles small size compared to the Debye screening but also by the homogeneity of the surface modification. The simple character of the system makes it attractive for fabrication of controlled nanoparticle arrays where further chemical and biological modifications are required.

  • 145.
    Malysheva, L.
    et al.
    Bogolyubov Inst. Theoretical Physics, Kiev 03143, Ukraine.
    Klymenko, Y.
    Space Research Institute, Kiev 03187, Ukraine.
    Onipko, A.
    Division of Physics, Luleå University of Technology, S-971 87 Luleå, Sweden.
    Valiokas, Ramunas
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Ab initio calculations of equilibrium geometries and vibrational excitations of helical ethylene-glycol oligomers: Application to modeling of monolayer infrared spectra2003Ingår i: Chemical Physics Letters, ISSN 0009-2614, E-ISSN 1873-4448, Vol. 370, nr 3-4, s. 451-459Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The density functional theory methods are used to calculate the equilibrium molecular structures and vibrational spectra of helical H(CH2CH2O)nH (OEG) oligomers (n = 4-7) at a level of precision that has not been accomplished before. The largest deviation between experimentally observed frequencies, obtained from infrared reflection-absorption spectra of OEG-monolayers on gold, and calculated, single molecule frequencies (unscaled), is slightly above 2%. Moreover, the most intense peak in the CH2-stretching region at about 2890 cm-1, commonly regarded as a trademark of the OEG helical conformation, is reassigned in this study to the asymmetric CH2-stretching mode. © 2003 Elsevier Science B.V. All rights reserved.

  • 146.
    Malysheva, L.
    et al.
    Bogolyubov Institute for Theoretical Physics, Kiev, Ukraine.
    Onipko, A.
    Division of Physics, Luleå University of Technology, S-971 87 Luleå, Sweden.
    Valiokas, Ramunas
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    First-principle DFT and MP2 modeling of infrared reflection - Absorption spectra of oriented helical ethylene glycol oligomers2005Ingår i: Journal of Physical Chemistry B, ISSN 1520-6106, E-ISSN 1520-5207, Vol. 109, nr 27, s. 13221-13227Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    First-principle modeling is used to obtain a comprehensive understanding of infrared reflection absorption (RA) spectra of helical oligo(ethylene glycol) (OEG) containing self-assembled monolayers (SAMs). Highly ordered SAMs of methyl-terminated 1-thiaoligo(ethylene glycols) [HS(CH2CH 2O)nCH3, n = 5, 6] on gold recently became accessible for systematic infrared analyses [Vanderah et al., Langmuir, 2003, 19, 3752]. We utilized the quoted experimental data to validate the first-principle modeling of infrared RA spectra of HS-(CH2CH 2O)5,6CH3 obtained by (i) DFT methods with gradient corrections (using different basis sets, including 6-311++G* *) and (ii) HF method followed by a Møller-Plesset (MP2) correlation energy correction. In focus are fundamental modes in the fingerprint and CH-stretching regions. The frequencies and relative intensities in the calculated spectra for a single molecule are unambiguously identified with the bands observed in the experimental RA spectra of the corresponding SAMs. In addition to confirming our earlier assignment of the dominating peak in the CH-stretching region to CH2 asymmetric stretching vibrations, all other spectral features observed in that region have received an interpretation consistent (but not in all cases coinciding) with previous investigations. The obtained results provide an improved understanding of the orientation and conformation of the molecular building blocks within OEG-containing assemblies, which, in our opinion, is crucial for being able to predict the folding and phase characteristics and interaction of OEG-SAMs with water and proteins. © 2005 American Chemical Society.

  • 147.
    Malysheva, Liubov
    et al.
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi.
    Onipko, A
    Valiokas, Ramunas
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    First-principles modeling of oligo(ethylene glycol)-terminated and amide group containing alkanethiolates2005Ingår i: Applied Surface Science, ISSN 0169-4332, E-ISSN 1873-5584, Vol. 246, nr 4, s. 372-376Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Recently, self-assemblies of HS(CH2)(15)CONH(CH2CH2O)(6)H were found to undergo a reversible temperature-driven conformational transition from the helical to all-trans state [R. Valiokas, M. Ostblom, S. Svedhem, S.C.T. Svensson, B. Liedberg 104 (2000) 7565]. The transition reveals distinctive signatures in the reflection-absorption (RA) spectrum associated with different conformations of the OEG portion of the SAM [R. Valiokas, M. Ostblom, S. Svedhem, S.C.T. Svensson, B. Liedberg 104 (2000) 7565]. Here we report an extensive ab initio modeling of infrared RA spectra of molecular constituents of OEG-terminated amide-containing SAMs. The model spectra for this type of molecules (with large OEG and alkyl portions) are obtained, for the first time, by using DFT methods with gradient corrections. The position and relative intensities of all characteristic bands, observed in the fingerprint region of the SAM RA spectrum, are shown to be well reproduced by the single-molecule model spectrum calculated for a certain relative orientation of the alkyl- and OEG portions and the amide bridge. This provides us additional information about actual structure, particularly, molecular orientation within the OEG-containing SAMs in focus. (c) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.

  • 148.
    Malysheva, Lyuba
    et al.
    Bogolyubov Institute for Theoretical Physics, 03680, Kiev, Ukraine.
    Onipko, Alexander
    Bogolyubov Institute for Theoretical Physics, 03680, Kiev, Ukraine.
    Fyrner, Timmy
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Kemi. Linköpings universitet, Tekniska fakulteten.
    Lee, Hung-Hsun
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Molekylär fysik. Linköpings universitet, Tekniska fakulteten.
    Valiokas, Ramūnas
    Department of Nanoengineering, Center for Physical Sciences and Engineering, Savanoriu 231, LT-02300 Vilnius, Lithuania.
    Konradsson, Peter
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Organisk Kemi. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Spectroscopic Characterization and Modeling of Methyl- and Hydrogen-Terminated Oligo (ethylene glycol) Self-Assembled Monolayers2012Ingår i: The Journal of Physical Chemistry C, ISSN 1932-7447, E-ISSN 1932-7455, Vol. 116, nr 22, s. 12008-12016Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Two series of oligo (ethylene glycol) (OEG) thiol compounds HS-(CH2CH2O)nR with R = CH3, H and n = 5, 6, 7, have been synthesized and used to form self-assembled monolayers (SAMs) on gold. The data from null ellipsometry, infrared reflection-absorption spectroscopy and ab initio calculations of this type of OH- and CH3-terminated OEG SAMs are used to examine the rarely addressed in-SAM orientation of oligo (ethylene glycols) and to provide detailed assignments of infrared bands in the fingerprint and CH-stretching regions. Based on these results, a new spectral band has been observed at 2947 cm-1 and identified by the firstprinciple calculations as localized vibrations that are specific for hydrogen-terminated OEG thiolate SAMs. This band can be used as an indicator of a high crystalline like ordering. It is further more stressed that theory agrees with the experimentally obtained CH-stretching spectra remarkably well if, and only if, the OEG helix axis within studied SAMs is tilted by about 20o with respect to the surface normal.

  • 149.
    Malysheva, Lyuba
    et al.
    Bogolyubo Institute for Theoretical Physics, Kyiv, Ukraine.
    Onipko, Alexander
    Bogolyubo Institute for Theoretical Physics, Kyiv, Ukraine.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.
    Ab Initio Modeling of Amide-Stabilized, Oligo(etylene glycol)-Terminated Self-Assemblies: In-SAM Molecular Geometry, Orientation, and Hydrogen Bonding2008Ingår i: Journal of Physical Chemistry A, ISSN 1089-5639, E-ISSN 1520-5215, Vol. 112, nr 8, s. 1683-1687Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Under the constraint that sulfur atoms form a hexagonal (×)R30° overlayer on the (111) gold surface, the optimized geometry of periodic arrays of HS(CH2)3CONH−(CH2CH2O)3H molecules has been found ab initio, by exploiting the BP86 exchange-correlation functional with 6-31G and “general” basis sets. The obtained data suggests that several prominent features of in-SAM molecular geometry and orientation stand out from conclusions based on single-molecule modeling. In particular, changing of amide-related dihedrals is shown to dominate in adjustment of molecular constituents to the assembly environment and to result in a substantial shortening of the hydrogen bond distance between nearest-neighbor amides. First demonstrated here, the full account to the intermolecular interaction within periodic arrays of amide-bridged, oligo(ethylene glycol)-terminated alkanethiolates forms a new platform for arguable modeling of SAM apparent properties.

  • 150.
    Malysheva, Lyuba
    et al.
    bogolyubov Institute for Theoretical Physics.
    Onipko, Alexander
    Bogolyubov Institute for Theoretical Physics.
    Liedberg, Bo
    Linköpings universitet, Tekniska högskolan. Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Sensorvetenskap och Molekylfysik.
    Ab Initio Modeling of Defect Signatures in Infrared Reflection - Absorption Spectra of SAMs Exposing Methyl- and Hydrogen-Terminated Oligo(ethylene glycols)2008Ingår i: Journal of Physical Chemistry A, ISSN 1089-5639, E-ISSN 1520-5215, Vol. 112, s. 728-736Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
12345 101 - 150 av 250
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • oxford
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf