De vanligaste sjukdomarna i tunntarmen återspeglar bristande funktion (det vill säga digestion oh absorption av födoämnen) i tunntarmens enterocyter, exempelvis laktosintolerans, celiakti och födoämnesallergier. Dessa sjukdomar är inte kirurgiskt behandlingsbara och ligger därför inte inom ramen för detta kapitel. Den mest proximala delen av tunntarmen, duodenum, berörs inte heller här eftersom dess sjukdomar är nära förknippade med ventrikelns respektive pankreas och gallväggarnas sjukdomar. Tunntarmen sjukdomar har få specifika symtom vilket för att diagnosen ofta ställs sent i sjukdomsförloppet. Det vanligaste symtomet vid strukturell påverkan på tunntarmen är ileas, varför diagnos ofta ställs i samband med akut operation, till exempel av tumörer. Primära maligna tumörer är dock relativt ovanliga i tunntarmen. Crohns sjukdom är däremot en relativt stor diagnosgrupp med tunntarmssjukdom där kirurgi är en viktig del av behandlingsarsenalen.